在使用命令行调用mclapply
时,我偶尔会遇到以下错误:
Rscript
Error in sendMaster(try(lapply(X = S, FUN = FUN, ...), silent = TRUE)) :
write error, closing pipe to the master
如果我在R Studio或交互式R会话中运行完全相同的代码,则不会出现错误。无论是每个工作人员必须返回非常大的对象的非常大的作业,还是小作业,都会出现此错误。我还尝试关闭“
prescheduling
”,但仍会引发错误。如果我减少mc.cores
参数中的线程数,有时它会消失。我正在使用Ubuntu 18.04.1上的Microsoft R Open。它也在Ubuntu 16.04上弹出。我还没有尝试过在标准R而不是MRO中运行代码。这是我的Rscript -e 'sessionInfo()'
:R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.1 LTS
Matrix products: default
BLAS: /opt/microsoft/ropen/3.5.1/lib64/R/lib/libRblas.so
LAPACK: /opt/microsoft/ropen/3.5.1/lib64/R/lib/libRlapack.so
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] RevoUtils_11.0.1 RevoUtilsMath_11.0.0
loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.1
有什么想法吗?其他人是否遇到过类似的问题?很抱歉我没有一个可重现的示例,因为我遇到错误的数据/代码太大而无法分享,并且我在其他情况下也无法复制该错误。它似乎只是随机发生。
mclapply
的代码中,它需要非常特定的情况)。顺便说一句,你发布了你的R配置做得很好(但请勿在一个干净的会话中运行它,请在有问题的会话中运行以展示其他已加载的软件包)! - Konrad Rudolphtrace(parallel:::sendMaster, at = 3L, tracer = quote({ str(list(what = what)) }))
,然后重新运行。这应该能让我们了解导致错误的数据大小。 - HenrikB