使用 GraphML 文件进行 D3.js 强制导向布局

Question

我该如何使用graphml文件在d3.js中绘制力导向图？

• 将文件转换为.json格式是否更简单？如何转换？我没有找到转换器（我找到了一个Python转换器，但我不会使用Python）
• 能否直接使用graphml文件？也许可以用d3.xml实现？

注意： graphml的格式如下：

<graph id="G" edgedefault="directed">
<node id="n0">
  <data key="v_name">JohnMaynardKe...</data>
  <data key="v_label">John Maynard Ke...</data>
  <data key="v_size">4</data>
  <data key="v_label.cex">0.3</data>
  <data key="v_frame.color">#ffffff00</data>
  <data key="v_color">#54FF00CC</data>
</node>
<node id="n1">
  <data key="v_name">JosephA.Schum...</data>
  <data key="v_label">Joseph A. Schum...</data>
  <data key="v_size">4</data>
  <data key="v_label.cex">0.3</data>
  <data key="v_frame.color">#ffffff00</data>
  <data key="v_color">#54FF00CC</data>
</node>
<edge source="n0" target="n1">
  <data key="e_nombre">2</data>
  <data key="e_width">2</data>
  <data key="e_arrow.size">0</data>
  <data key="e_color">#00000021</data>
</edge>
<edge source="n0" target="n7">
  <data key="e_nombre">2</data>
  <data key="e_width">2</data>
  <data key="e_arrow.size">0</data>
  <data key="e_color">#00000021</data>
</edge>

....

- user1788720

Answer 1

我建议您将您的graphml文件转换为json文件。我遇到了同样的问题，以下是我使用Python和Networkx库将graphml文件转换为json的方法:

import networkx as nx
import json
from networkx.readwrite import json_graph
import re

G=nx.read_graphml('YourFile.graphml', unicode)
data = json_graph.node_link_data(G)

for node in data['nodes']:
  str=node['id']
  node['id']=[int(s) for s in str.split("n") if s.isdigit()][0]

with open('YourFile.json', 'w') as f:
  json.dump(data, f, indent=4)

代码中的for循环将您的节点ID转换为数字。这非常重要，因为JSON最终文件中的源和目标已经是数字（而不是字符）。

- Roseric Azondekon

Answer 2

Following on from @fccoelho, Anders Eriksen (anderser) has put together an example of converting GraphML XML to d3 JSON format with Python, here (GitHub gist). convert.py <- GraphML-to-d3_JSON

The Python script takes advantage of the Python-louvain and Networkx.github.io libraries.

- Big Rich

Answer 3

使用Python和networkX，您可以读取graphml：http://networkx.lanl.gov/reference/generated/networkx.readwrite.graphml.read_graphml.html 然后以多种方式将其保存为JSON： http://networkx.lanl.gov/reference/readwrite.json_graph.html

- fccoelho

Answer 4

好的，我终于找到了一些方法将图形转换为符合d3.js的.json格式http://coulmont.com/blog/2012/11/03/reseau-d3js/。这是通过R和RJSONIO库完成的（注释为法语）。

library(RJSONIO) 
#creation de la partie qui renseigne les "nodes"
temp<-cbind(V(g2)$name,V(g2)$group)
colnames(temp)<-c("name","group")
js1<-toJSON(temp)
#creation de la partie qui renseigne les "liens"
write.graph(g2,"Desktop/edgelist.csv",format="edgelist")
edges<-read.csv("Desktop/edgelist.csv",sep=" ",header=F)
colnames(edges)<-c("source","target")
edges<-as.matrix(edges)
js2<-toJSON(edges)
#concatenation des deux parties
reseau<-paste('{"nodes":',js1,',"links":',js2,'}',sep="")
write(reseau,file="Desktop/reseau.json")

- user1788720

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请尝试使用clickme，这是一个使用R输入数据生成JS可视化的R软件包 http://bit.ly/rclickme - nachocab