R ggplot2: 如何绘制具有实心颜色和透明描边的geom_points，并根据颜色上色？

Question

我想制作一个散点图，每个点都有一个球体。点和它的球体都根据某些列的值着色。

以下是一个最小化的示例，展示了我的要求：

library(ggplot2)
library(vcd) # only needed for example dataset
ggplot(Arthritis, aes(x = ID, y = Age)) + 
    geom_point(aes(color=Sex), size=10, alpha=.3) + 
    geom_point(aes(color=Treatment), size=3)

这个“解决方案”的问题在于使用两个geom_point层会混淆图例。我猜只使用一个geom_point层并使用一个也添加描边的形状可能更有意义，就像这样：

ggplot(Arthritis, aes(x = ID, y = Age)) + 
    geom_point(aes(color=Sex, fill=Treatment), shape=21, size=5, stroke=5)

像这样的答案不能解决我的问题，因为它们使用恒定的颜色，因此可以使用函数alpha。然而，我无法弄清楚是否以及如何将其与依赖于数据的颜色一起使用。

TL;DR：如何绘制具有实心颜色和透明描边但不是恒定颜色的geom_points？

- Seriously

Answer 1

你已经走上了正确的道路，意识到你可以使用函数 alpha()，也认识到不能仅仅在 aes() 中放置 alpha()。但是，你可以将 alpha() 作为 scale_* 函数中的 values= 参数进行传递。以下是使用 mtcars 的示例：

ggplot(mtcars, aes(mpg, disp)) + 
  geom_point(
    aes(color=factor(cyl), fill=factor(carb)),
    shape=21, size=4, stroke=4) +
  scale_color_manual(values=alpha(rainbow(3), 0.2))

这样做的一个问题是那些围绕“factor(carb)”图例的大黑线让我感到不舒服。非常棒。您可以使用 guides() 函数并使用 override.aes= 来指定要显示的内容以及用什么替换它。在这种情况下，您可以设置 color=NA 来覆盖继承的主题，使其透明（只留下 fill= 部分）。

ggplot(mtcars, aes(mpg, disp)) + 
  geom_point(
    aes(color=factor(cyl), fill=factor(carb)),
    shape=21, size=4, stroke=4) +
  scale_color_manual(values=alpha(rainbow(3), 0.2)) +
  guides(fill=guide_legend(override.aes = list(color=NA))) +
  labs(color="cyl", fill="carb")

顺便说一下，geom_point 没有简单的方法将描边置于填充部分的 "后面"。您可以编写自己的定制 stat/geom 来完成这项任务，但 geom_point 总是先绘制填充再绘制描边。

- chemdork123

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非常好的解决方案。 - Limey

Answer 2

一个简单的解决方法是将大的透明圆形不再表示为点，而是填充圆形。这样你就可以使用“fill”美学来标记它们。这里使用了ggforce中的“geom_circle”。

library(ggplot2)
library(vcd)
library(ggforce)

ggplot(Arthritis) + 
  geom_circle(aes(x0 = ID, y0 = Age, r = 2, fill = Sex), alpha = .3, colour = NA) +
  geom_point(aes(x = ID, y = Age, color = Treatment), size = 3) + 
  coord_equal() + 
  scale_color_discrete(h = c(350, 190))

^{这是由 reprex 包 (v0.3.0) 在2020年07月01日创建的}

- Allan Cameron

Answer 3

或者制作第二个颜色比例尺！

library(ggplot2)
library(vcd) 
#> Loading required package: grid
library(ggnewscale)

ggplot(Arthritis, aes(x = ID, y = Age)) + 
  ## removing stroke so it does not have this awkward border around it
  geom_point(aes(color=Sex), size=10, alpha=.3, stroke = 0) +
  new_scale_color()+
  geom_point(aes(color=Treatment), size=3) 

^{由 reprex包 (v2.0.1) 创建于2022年6月15日}

- tjebo