我的同事建议问题可能与texniscope有关，建议我将其从系统中清除。但我真的不希望不得不这样做！
可能的线索：
在我升级到Leopard之前，这不是一个问题。
当我说字体混乱时，我的意思是主要文本看起来可能是默认的Mac系统字体，而所有数学公式都完全无法阅读。基本上所有特殊符号都是完全混乱的。
我从这里安装了latex：http://www.tug.org/mactex/。我已经安装了texniscope。
当我运行/usr/texbin/pdflatex foo.tex时，它似乎可以工作：
This is pdfTeXk, Version 3.1415926-1.40.9 (Web2C 7.5.7)
%&-line parsing enabled.
entering extended mode
...
但生成的pdf文件字体混乱。
atsutil server -shutdown
这将会结束苹果字体服务服务器守护进程（ATSServer）并重新生成一个新的实例，同时重建其缓存文件。
TUG最近发布了更新的二进制文件，修复了触发字体缓存损坏的错误：http://www.tug.org/mactex/fontcache/
这个 bug 把我逼疯了。受到 this hint 的启发，我找到了最好的解决方法，即在 shell 中执行以下序列：
atsutil databases -removeUser
sudo atsutil databases -remove
atsutil server -shutdown
atsutil server -ping
您可以在您的 shell 配置文件中的 shell 函数中添加此序列（我的是 .zshrc）：
function atsrm()
{
atsutil databases -removeUser
sudo atsutil databases -remove
atsutil server -shutdown
atsutil server -ping
}
...只需在终端中调用atsrm即可清除字体缓存。请注意，如果Skim处于打开状态，则会崩溃，并且某些应用程序可能会显示一些字符不正确，因此您需要重新启动它们。
看起来我找到了答案，来自http://www.stat.duke.edu/~dmm36/tech.php，如下所述。唉，看来我不得不放弃TeXniscope。我更喜欢TeXniscope，因为它更简单，具有更好的翻页键盘快捷键，而Skim则需要在每次出现latex错误时手动刷新pdf（否则Skim会自动刷新）。
引用自http://www.stat.duke.edu/~dmm36/tech.php：
最近升级到Leopard后，使用latex（MacTeX 2007分发版）创建的pdf文件出现了非常奇怪和可怕的问题。关键是任何使用苹果本机pdf引擎的应用程序（例如preview.app、skim.app、Texniscope.app、LaTeXit.app，但不包括adobe reader 8）都无法正确显示字体。更神秘的是，同一文档在多次打开时可能呈现不同的效果。
经过大量的搜索，直到我在mac tex新闻组上找到了一个帖子，建议问题在于破损的字体缓存。另一次搜索带来了这个提示，说明如何删除Leopard中的所有字体缓存。从终端发出以下命令：sudo rm -rf `lsof | grep com.apple.ATS/annex.aux | grep Finder | cut -c 66-139`
（如果您的路径中没有/usr/sbin，请将lsof替换为/usr/sbin/lsof）
sudo rm -rf /private/var/folders/*/*/-Caches-/com.apple.ATS
然后重新启动。这个方法解决了我的字体问题。
注意：这个问题的一部分似乎是由于TeXniscope.app搞砸了字体缓存。例如，如果你删除字体缓存、重新启动并在预览中打开某些东西，它看起来会很好，但只要你再次在TeXniscope中打开某些东西，就又回到了原点。如果你遇到了这个问题，并且使用TeXniscope作为你的pdf预览器（如在aquamacs中），你应该切换到Skim作为你的pdf预览器。它非常不错，而且Skim维基上有关于如何将其与Aquamacs集成的说明。TeXniscope已经不再进行积极开发了。
在Adobe Reader中查看PDF文档属性。如果您的数学公式使用Type 3 (?) 位图字体，您需要告诉驱动程序将正确的Type 1矢量字体嵌入到生成的文档中。
我在Linux上使用latex和dvips然后转换为PDF。以前我必须告诉它这样做，但现在至少ubuntu上的软件包已经有了正确的字体设置。
在网上搜索如何将正确的字体嵌入到文档中。
仔细想想，也许您的系统上没有安装任何字体，或者您的字体都没有被嵌入到文档中。
我对你在使用MacTeX时遇到的问题感到有些惊讶。最近我安装了2008版本，不管是pdftex/latex还是xetex/latex，都能够完美运行。即使之前安装了teTeX，字体也不会成为问题。你能否将你的foo.tex文件分享给我们进行测试？