在R中加载h5 keras模型文件

Question

我正在构建一个二进制分类的R包，使用opencpu进行托管。目前我将h5文件保存为.RData文件（序列化），然后使用R中的.onLoad()函数在环境中加载它，这使得R脚本可以使用环境变量使用keras::unserialized_model()加载keras模型。

我已经尝试直接在代码中使用keras::load_model_hdf5()，但是在构建并部署到opencpu后，当我尝试访问预测API时，出现错误。 ioerror: unable to open file (unable to open file: name = '/home/modelfile_26feb.h5', errno = 13, error message = 'permission denied', flags = 0, o_flags = 0) 我已更改了文件的权限（777）和组，但仍然出现错误。

我甚至尝试将文件放在inst / extdata文件夹中，以便它被打包，但仍然出现相同的错误。

有人能帮忙解决这个问题吗？或者建议一些直接加载h5模型的替代方案？

- Swapnesh Khare

Answer 1

OpenCPU 运行在哪个操作系统上？为什么它尝试写入 /home/，这非常不寻常？最好的解决方案是将您的代码适应于写入 getwd() 或 tempdir()。更好的方法是将数据存储在本地数据库或 redis 服务器中，并让 R 从那里读取，这样您就不需要磁盘访问了。

如果您在 Ubuntu Server 上运行，则默认情况下不允许从 /home/ 读取。如果您想允许此操作，则需要添加 apparmor 规则，请参见 server manual 的第 3.5 节。

一些来自 opencpu 邮件列表的相关主题：

• 在主目录中写入：https://groups.google.com/d/msg/opencpu/5vRvgSKY-qE/4xMzZCGJBAAJ
• 在opencpu中使用keras：https://groups.google.com/d/msg/opencpu/HhRzFVVFdaA/n5Nu1sxyFgAJ
• 在tmp文件夹中写入：https://groups.google.com/d/msg/opencpu/Y1tYhaQUzwU/ubSEd_CDCgAJ

- Jeroen Ooms

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谢谢，’keras在opencpu中‘的链接解决了这个问题。这是由于apparmor规则造成的。对于其他人执行相同操作且需要从不同位置读取模型文件的情况，请记得在最后添加 keras ::k_clear_session() 以避免多线程导致的文件读取错误 (链接)。 - Swapnesh Khare