使用check()函数时出现testthat测试失败问题

Question

我正在尝试为我的程序添加一些测试，以确保在进行更改时事物保持不变。但是我在这方面遇到了一些困难。

我想测试我的程序的主要功能，大致描述为一种插补方法。因此，如果我给它一个 n x 2 矩阵 Y，其中第二列有一些 NA，它应该返回 Z，其中 Y 和 Z 的第一列相同（因为它完全被观察到），并且第二列应该被插补，以便 Z 的第二列中没有 NA。

显然，该函数还有其他几个输入，但是我的测试的主要结构是：

context("Test output")
test_that("First column equal", {
  set.seed(100)
  Y <- matrix(rnorm(200), 100, 2)
  Y[seq(1, 100, by = 3), 2] <- NA
  out <- my_fun(Y)
  expect_equal(Y[, 1], out[, 1])
})

我的问题是这个无法正常工作。当我运行devtools::test()时可以工作，但运行devtools::check()时就不行了。我尝试使用expect_equal_to_reference()（因为我要测试的内容比这个例子更大、更复杂），但它也会抛出错误，即使在控制台中运行代码并将其与保存的.rds文件进行比较后发现它们是相同的。

我发现Hadley在（检查）中说过这样一句话:

有时您可能会遇到一个问题，在使用devtools::test()交互式运行测试时，测试通过，但在使用R CMD check时失败。这通常表示您对测试环境做出了错误的假设，而且往往很难找到问题所在。

这情况看起来不太妙，但我该怎么办？有什么想法吗？

这是我得到的错误消息（test_file是包含上述代码的文件名）：

checking tests ...
** running tests for arch 'i386' ... ERROR
Running the tests in 'tests/testthat.R' failed.
Last 13 lines of output:
  3: asNamespace(ns)
  4: getNamespace(ns)
  5: tryCatch(loadNamespace(name), error = function(e) stop(e))
  6: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
  7: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
  8: value[[3L]](cond)
... 13 lines ...
  5: tryCatch(loadNamespace(name), error = function(e) stop(e))
  6: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
  7: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
  8: value[[3L]](cond)

  testthat results ================================================================
  OK: 0 SKIPPED: 0 FAILED: 1
  1. Error: First column equal (@test_file.R#12) 

- hejseb

---

尝试调试简化的 my_fun() 可能会有帮助（但仍然无法通过测试）。 - m-dz

@m-dz 我明白这一点，但是该函数相当复杂，整个包（或多或少）只是它的构建块。我知道在没有它的情况下提问是很冒险的，但我希望有人之前经历过类似的事情。 - hejseb

也许可以尝试（在 https://github.com/hadley/testthat/issues/86 之后）：在 tests/testthat.R 的第一行添加 Sys.setenv("R_TESTS" = "")。 - m-dz

@m-dz，我感到几乎羞愧，但我刚忘了在测试文件中也加载包。我在考虑删除这个问题，但是为了以防其他人将来犯同样的错误，我会让它留下来。 - hejseb

Answer 1

答案既尴尬又简单。测试文件需要加载该软件包，因此应以以下方式开始：

library(mypackage)
context("Test output")

虽然之前我认为它可行，但实际上并不是。现在包已正确加载，例如由my_fun打印的进度条将出现在“Build”面板中。

- hejseb