我知道可以使用ls()和rm()查看并删除存在于我的环境中的对象。
但是，当处理“旧”的.RData文件时，有时需要将环境分开以找到要保留和留出的内容。
我想做的是，拥有一个类似GUI的界面，让我能够查看这些对象、排序它们（例如按大小排序），并删除我不需要的对象（例如通过复选框界面）。由于我想象中这样的系统目前尚未在R中实现，那么存在什么方法？您用什么清理旧的.RData文件？
谢谢,
Tal
8个回答
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我从不创建.RData文件。如果你正在进行可重现研究（而你应该这样做！），你应该能够使用R文件从输入数据文件到所有输出中进行源控制。
当您有需要较长时间才能完成的操作时，缓存它们是有意义的。我通常会使用类似以下结构：
if (file.exists("cache.rdata")) {
load("cache.rdata")
} else {
# do stuff ...
save(..., file = "cache.rdata")
}
这样可以让你从缓存文件中快速工作，当你需要重新计算时，只需删除工作目录中的所有rdata文件。
- hadley
3
我不同意。每次加载所有文件，合并它们，准备？我选择一次性数据准备，保存到.RData，并从“load”中进行分析。 - Marek
2嗨，哈德利 -
理论上我会采取你的立场，但实际上并不总是奏效。例如，我有一些项目需要几分钟的R处理才能获取相关的数据框。在这种情况下，我更愿意按照Marek所写的去做。 - Tal Galili
2缓存与这种工作实践完全无关。我已经添加了一条注释以使其更清晰。 - hadley
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基本解决方法是加载您的数据，删除您不需要的内容并保存为新的、干净的数据。
处理这种情况的另一种方式是通过将加载的RData加载到自己的环境中来控制它。
sandbox <- new.env()
load("some_old.RData", sandbox)
现在您可以看到里面的内容。
ls(sandbox)
sapply(ls(sandbox), function(x) object.size(get(x,sandbox)))
然后你有几种选择：
- 将要保存的内容写入新的RData文件中：
save(A, B, file="clean.RData", envir=sandbox) - 从环境中删除不需要的内容：
rm(x, z, u, envir=sandbox) - 将你想要的变量复制到全局工作区并删除
sandbox
我通常会选择类似第三个选项，加载我的数据，进行一些检查和转换，将最终数据复制到全局工作区并删除环境。
你总是可以实现自己想要的。所以
- 加载数据
vars <- load("some_old.RData") - 获取大小
vars_size <- sapply(vars, function(x) object.size(get(x))) - 排序
vars <- vars[order(vars_size, decreasing=TRUE)]
vars_size <- vars_size [order(vars_size, decreasing=TRUE)] - 创建对话框（取决于操作系统，在Windows中）
vars_with_size <- paste(vars,vars_size)
vars_to_save <- select.list(vars_with_size, multiple=TRUE) - 删除不需要的内容
rm(vars[!vars_with_size%in%vars_to_save])
为了得到对象大小的美观形式，我使用了基于getAnywhere(print.object_size)的解决方案。
pretty_size <- function(x) {
ifelse(x >= 1024^3, paste(round(x/1024^3, 1L), "Gb"),
ifelse(x >= 1024^2, paste(round(x/1024^2, 1L), "Mb"),
ifelse(x >= 1024 , paste(round(x/1024, 1L), "Kb"),
paste(x, "bytes")
)))
}
然后在第4步中，可以使用
paste(vars, pretty_size(vars_size))。- Marek
1
感谢Marek。你的代码提供了一些有趣的函数和策略，对我很有帮助。但我仍然希望能够像Nico建议的那样开发出类似的功能-这似乎更容易处理。再次感谢，Tal。 - Tal Galili
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你可能想查看RGtk2包。你可以使用Glade Interface Designer非常容易地创建一个界面，然后附加任何你想要的R命令。
如果你想要一个好的起点来“窃取”如何使用
我可能会尝试一下，看看能否做出一些简单的东西。
编辑：这是一段快速而肮脏的代码，你可以试着玩一下。它的一个大问题是
待办事项：
如果你想要一个好的起点来“窃取”如何使用
RGtk2的想法，安装rattle包并运行rattle();。然后查看源代码并开始制作自己的界面：）我可能会尝试一下，看看能否做出一些简单的东西。
编辑：这是一段快速而肮脏的代码，你可以试着玩一下。它的一个大问题是
rm指令由于某种原因没有被执行，但我不确定为什么...我知道它是中心指令，但至少界面是可以工作的！:D待办事项：
- 让
rm正常工作 - 我把所有变量都放在
remObjEnv环境中。它不应该列在当前变量中，并且在关闭窗口时应该被删除 - 列表只显示全局环境中的对象，其他环境中的任何东西都不会显示，但这很容易实现
- 可能还有一些我没有想到的其他bug:D
# Our environment
remObjEnv <<- new.env()
# Various required libraries
require("RGtk2")
remObjEnv$createModel <- function()
{
# create the array of data and fill it in
remObjEnv$objList <- NULL
objs <- objects(globalenv())
for (o in objs)
remObjEnv$objList[[length(remObjEnv$objList)+1]] <- list(object = o,
type = typeof(get(o)),
size = object.size(get(o)))
# create list store
model <- gtkListStoreNew("gchararray", "gchararray", "gint")
# add items
for (i in 1:length(remObjEnv$objList))
{
iter <- model$append()$iter
model$set(iter,
0, remObjEnv$objList[[i]]$object,
1, remObjEnv$objList[[i]]$type,
2, remObjEnv$objList[[i]]$size)
}
return(model)
}
remObjEnv$addColumns <- function(treeview)
{
colNames <- c("Name", "Type", "Size (bytes)")
model <- treeview$getModel()
for (n in 1:length(colNames))
{
renderer <- gtkCellRendererTextNew()
renderer$setData("column", n-1)
treeview$insertColumnWithAttributes(-1, colNames[n], renderer, text=n-1)
}
}
# Builds the list.
# I seem to have some problems in correctly build treeviews from glade files
# so we'll just do it by hand :)
remObjEnv$buildTreeView <- function()
{
# create model
model <- remObjEnv$createModel()
# create tree view
remObjEnv$treeview <- gtkTreeViewNewWithModel(model)
remObjEnv$treeview$setRulesHint(TRUE)
remObjEnv$treeview$getSelection()$setMode("single")
remObjEnv$addColumns(remObjEnv$treeview)
remObjEnv$vbox$packStart(remObjEnv$treeview, TRUE, TRUE, 0)
}
remObjEnv$delObj <- function(widget, treeview)
{
model <- treeview$getModel()
selection <- treeview$getSelection()
selected <- selection$getSelected()
if (selected[[1]])
{
iter <- selected$iter
path <- model$getPath(iter)
i <- path$getIndices()[[1]]
model$remove(iter)
}
obj <- as.character(remObjEnv$objList[[i+1]]$object)
rm(obj)
}
# The list of the current objects
remObjEnv$objList <- NULL
# Create the GUI.
remObjEnv$window <- gtkWindowNew("toplevel", show = FALSE)
gtkWindowSetTitle(remObjEnv$window, "R Object Remover")
gtkWindowSetDefaultSize(remObjEnv$window, 500, 300)
remObjEnv$vbox <- gtkVBoxNew(FALSE, 5)
remObjEnv$window$add(remObjEnv$vbox)
# Build the treeview
remObjEnv$buildTreeView()
remObjEnv$button <- gtkButtonNewWithLabel("Delete selected object")
gSignalConnect(remObjEnv$button, "clicked", remObjEnv$delObj, remObjEnv$treeview)
remObjEnv$vbox$packStart(remObjEnv$button, TRUE, TRUE, 0)
remObjEnv$window$showAll()
- nico
5
@Tal Galili：我更新了我的答案，并附上了一段代码。这是供您自由使用的！ :) - nico
嗨Nico - 太好了，谢谢！我目前还不能运行它，因为我有一个Gtk2的问题，但是修复后我会运行你的代码。最好的祝福，Tal - Tal Galili
Nico，你认为线程中关于使用gwidgets而不是RGtk2的用户___想法怎么样？ - Tal Galili
@Tal Galili：我从未使用过gwidgets，我猜那是一个选项，我通常使用RGtk2，因为它可以很好地集成到Gnome环境中，但这绝对是个人偏好。如果你愿意，你也可以使用Tcl/Tk。 - nico
2
一旦您确定了要保留哪些内容，您可以使用gdata包中的-keep-函数实现其名称所示的功能。
a <- 1
b <- 2
library(gdata)
keep(a, all = TRUE, sure = TRUE)
请参阅help(keep)以获取有关-all-和-sure-选项的详细信息。
all: whether hidden objects (beginning with a .) should be removed, unless explicitly kept.
sure: whether to perform the removal, otherwise return names of objects that would have been removed.
这个函数非常有用，我很惊讶它不是R本身的一部分。
- PatrickT
1
这句话的英译中文为：“可怜的家伙的答案可能是：”。其中保留了HTML标签。
ls()
# spot the rank of the variables you want to remove, for example 10 to 25
rm(list= ls()[[10:25]])
# repeat until satisfied
- Hugues
1
它没有复选框来删除，而是您选择文件，然后单击删除。但是，下面的解决方案非常容易实现：
library(gWidgets)
options(guiToolkit="RGtk2")
## make data frame with files
out <- lapply((x <- list.files()), file.info)
out <- do.call("rbind", out)
out <- data.frame(name=x, size=as.integer(out$size), ## more attributes?
stringsAsFactors=FALSE)
## set up GUI
w <- gwindow("Browse directory")
g <- ggroup(cont=w, horizontal=FALSE)
tbl <- gtable(out, cont=g, multiple=TRUE)
size(tbl) <- c(400,400)
deleteThem <- gbutton("delete", cont=g)
enabled(deleteThem) <- FALSE
## add handlers
addHandlerClicked(tbl, handler=function(h,...) {
enabled(deleteThem) <- (length(svalue(h$obj, index=TRUE)) > 0)
})
addHandlerClicked(deleteThem, handler=function(h,...) {
inds <- svalue(tbl, index=TRUE)
files <- tbl[inds,1]
print(files) # replace with rm?
})
- jverzani
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谢谢用户___，在我的 RGtk2 再次工作后，我也会尝试这个。最好的祝福，Tal。 - Tal Galili
嗨，我又来了。我试了你给我的代码加上选项(guiToolkit="tcltk")，有一部分是有效的。我可以看到文件列表（虽然我原本想要的是ls()对象，但这也行） - 但我看不到删除按钮（它没有足够的空间）。有什么建议吗？ - Tal Galili
是的，那是我还没有解决的表格小问题。一些快速的hack方法是：您可以手动调整窗口大小；将删除按钮移到gtable实例上方，或者使用水平布局（跳过ggroup中的horizontal=FALSE）--John - jverzani
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OS X的GUI确实有这样一个东西，它被称为Workspace Browser。非常方便。
我也希望有一个界面能够显示对象之间的会话依赖关系，即如果我从plot()开始向后工作，找到创建它所使用的所有对象。这需要解析历史记录。
- Ken Williams
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谢谢 Ken - 听起来是个好主意。你有什么想法吗？ - Tal Galili
1您可以使用
?browseEnv 在任何平台下浏览工作区。ls.str 提供了控制台的替代方案。 - Richie CottonRichie - 谢谢，这非常酷（我知道ls.str，但不知道browseEnv）！ - Tal Galili
0
要清理完整的环境，您可以尝试：
rm(list(ls())
- RRuiz
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