尝试将 .csv 文件读入 R 时出现“不完整的最终行”警告

Question

我正在尝试将一个 .csv 文件读入 R 中，使用以下公式：

pheasant<-read.table(file.choose(),header=TRUE,sep=",")

我收到了以下警告消息：

"incomplete final line found by readTableHeader on 'C:\Documents and Settings..."

有几件事情我认为可能导致了这个警告，但可惜的是我对R不够了解，无法自行诊断问题，所以我想在这里发布帖子，希望其他人能为我诊断！

• .csv文件最初是Excel文件，我将其保存为.csv格式
• 该文件包含三列数据
• 每个数据列长度不同，即每列中值的数量不同
• 我想一次比较两列数据的平均值（使用t-test或等效方法，具体取决于正态/非正态分布），例如，在列1值和列2值之间进行t-test，然后在列1和列3值之间进行t-test，依此类推。

任何帮助或建议都将受到严重赞赏！

- Kate

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@Kate：你能给我们提供文件的链接吗？我有一些想法，但没有文件很难确定问题所在。 - Joris Meys

嗨，Joris - 我不确定如何做到那一点，抱歉... - Kate

第一列有1045个值，第二列有623个值，第三列有871个值，是否有所帮助...？它们都是整数和半数值的数字，例如23、24.5等等... - Kate

我认为这就是问题所在，因为read.table将您的数据放入数据框中，而数据框需要具有相等的列长度。 - Sir Ksilem

@James：不是的。readTableHead（底层c函数）读取前5行。错误源自那里。 - Joris Meys

Answer 1

这个提示信息表明文件的最后一行没有以行尾（End Of Line，EOL）字符结束，该字符可以是换行符（\n）或回车+换行符（\r\n）。这个提示原本的意图是警告你文件可能不完整；大多数数据文件在文件的最后一个字符处都会有一个EOL字符。

解决方法很简单：

1. 打开该文件
2. 导航到该文件的最后一行
3. 将光标放置在该行末尾
4. 按下 return 键
5. 保存该文件

- Hendrik Pon

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它不是文件的最后一行。他正在阅读的是头部，也就是您的前五行。 - Joris Meys

@JorisMeys，然而错误信息指的是文件的最后一行。按照上述步骤确实可以消除警告。 - WorldGov

@WorldGov，“不完整的最终行”是一个警告（而不是错误），可能由不同的原因引起。在您的情况下，这是由于缺少最终EOL引起的。在您的情况下，没有办法是函数readTableHeader抛出了警告，因为它不读取最终行。因此，您的问题与OP的问题不同。 - Joris Meys

有很多建议的解决方案，但只有这一个是有效的。 - exan

Answer 2

问题很容易解决；这是由于最后一行必须为空。

比如，如果你的内容是

line 1,
line2

将其改为

line 1,
line2
(empty line here)

今天我遇到了这个问题，当我试图使用R语言读取一个JSON文件时，使用如下命令：

json_data<-fromJSON(paste(readLines("json01.json"), collapse=""))

最后我通过上述方法解决了这个问题。

- Vincent Jia

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使用Plumber来托管R API时，我遇到了同样的问题。通过在结尾添加一个空行，解决了“警告信息：在readLines(file)中找到不完整的最终行：'apiAnaheim.R'”的问题。不确定为什么会出现这种情况。 - HoofarLotusX

一样的情况。谢谢。 - Yes

Answer 3

你确定选中的文件是 .csv 文件而不是 .xls 文件吗？如果我尝试读入一个 .xls 文件，我只能重现这个错误。如果我尝试读入一个 .csv 文件或任何其他文本文件，就无法重新创建你所得到的错误。

> Data <- read.table("test.csv",header=T,sep=",")
> Data <- read.table("test.xlsx",header=T,sep=",")
Warning message:
In read.table("test.xlsx", header = T, sep = ",") :
  incomplete final line found by readTableHeader on 'test.xlsx'

readTableHead 是导致错误的 C 函数。它试图读取前 n 行数据（通常是前 5 行）以确定数据类型。其余数据使用 scan() 进行读取。因此，问题出在文件格式上。

找到问题的一种方法是将工作目录设置为文件所在的目录。这样，您就可以看到所读取文件的扩展名。我知道在 Windows 上默认情况下不显示扩展名，因此您可能会认为它是 csv 格式，但实际上并非如此。

接下来，您应该使用记事本、Wordpad 或其他编辑器打开文件，并检查其格式是否与我的文件 test.csv 相同：

Test1,Test2,Test3
1,1,1
2,2,2
3,3,3
4,4,
5,5,
,6,

此文件将给您以下数据框：

> read.table(testfile,header=T,sep=",")
  Test1 Test2 Test3
1     1     1     1
2     2     2     2
3     3     3     3
4     4     4    NA
5     5     5    NA
6    NA     6    NA

Excel保存的csv格式使用逗号分隔所有单元格。空单元格没有值。 read.table() 可以轻松处理这种情况，并能很好地识别空单元格。

- Joris Meys

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假设这是一个Windows 7环境，如果Kate查看复制到桌面或文件夹内的文件，.csv文件的图标上有一个"a"字样，而.xlsx文件的图标更像一个工作表。这是一种快速确定文件类型的视觉方式。当保存到桌面时，更容易看到，因为图标更大。 :) - Michelle

Answer 4

使用readLines()（附带warn = FALSE参数）将文件首先读入字符向量中。

之后，使用text =选项将向量读入数据框中，使用read.table()

    pheasant <- read.table( 
        text = readLines(file.choose(), warn = FALSE), 
        header = TRUE,  
        sep = "," 
    )

- Damian

Answer 5

我注意到已经提供了几个答案，但是还没有真正的解决方法。

原因如上所述，是CSV文件末尾缺少“换行符”。

虽然真正的解决方法应该来自于微软，但是可以通过使用文本编辑器打开CSV文件并在文件末尾添加一行（即按回车键）来绕过此问题。我使用ATOM软件作为文本/代码编辑器，但几乎所有基本的文本编辑器都可以。

与此同时，请向微软报告此错误。

问题：我认为这是Office 2016的问题。有人在PC上遇到此问题吗？

- Nicolas Stifani

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有很多建议的解决方案，但这个是最恰当的。 - exan

Answer 6

我已经通过将read.table参数中的编码从fileEncoding = "UTF-16"更改为fileEncoding = "UTF-8"来解决了这个问题。

- Dejan Pljevljakusic

Answer 7

在我的情况下，这确实是最后一行。问题的解决方法是在CSV文件底部添加一个空白行。

cola,colb,colc
1,2,3
4,5,6
7,8,9

INTO

cola,colb,colc
1,2,3
4,5,6
7,8,9

仔细观察最后一行的额外空格。只需添加空白行即可解决问题。

注意

似乎R的CSV解析器正在寻找最后一个换行符作为换行分隔符。程序员更熟知这些字符，如\r\n或\r。

- Abel Callejo

Answer 8

在一些欧洲地区，逗号被用作小数点，因此应该使用read.csv2函数。

- yifan

Answer 9

我曾经遇到过这个问题，当时表头中包含了单引号。当我去掉它（即将相应的列标题从 Jimmy's data 改为 Jimmys data），函数就没有返回警告。

- loukdelouk

Answer 10

我也收到了同样的信息。我的解决方案包括：删除CSV文件中所有额外的工作表（标签），消除非数字字符，将文件重新保存为逗号分隔文件，并使用标准语言在R v 2.15.0中加载：

filename<-read.csv("filename",header=TRUE)

另外，为了作为一种额外的保障措施，在加载CSV之前我关闭了软件并重新打开它。

- erik