这是我的第一个问题,请温柔点。
我有一些数据,格式如下:
基本上这是一个边缘列表,可以用来制作网络地图:
像这样: 当我尝试使用以下循环生成列表时:
我有一些数据,格式如下:
library('networkD3')
Relationships<- data.frame(Parent=c("earth","earth","forest","forest","ocean","ocean","ocean","ocean"),
Child=c("ocean","forest","tree","sasquatch","fish","seaweed","mantis shrimp","sea monster"))
> Relationships
Parent Child
1 earth ocean
2 earth forest
3 forest tree
4 forest sasquatch
5 ocean fish
6 ocean seaweed
7 ocean mantis shrimp
8 ocean sea monster
基本上这是一个边缘列表,可以用来制作网络地图:
net <- graph_from_data_frame(d = Relationships,
directed = T)
plot(net)
我希望将其转换为一个可在下面的diagonalNetwork
函数中使用的形式。Hierarchical_list <- list(name = "earth",
children = list(list(name = "ocean",
children = list(list(name = "mantis shrimp"),
list(name = "fish"),
list(name = "sea monster"),
list(name = "seaweed")
)),
list(name = "forest",
children = list(list(name = "sasquatch"),
list(name = "tree")
))
))
diagonalNetwork(Hierarchical_list)
像这样: 当我尝试使用以下循环生成列表时:
List_attempt <- list()
levels<- levels(factor(Relationships$Parent))
for(n in 1:length(levels)){
Children <- subset(Relationships, Relationships$Parent == levels[n], select = Child)
for(c in 1:length(Children)){
sublist <- as.list(Children)
List_attempt <- list(List_attempt, name = levels[n],children = sublist)
}
}
diagonalNetwork(List_attempt)
我得到了这个错误:
Error in FUN(X[[i]], ...) :
'options' must be a fully named list, or have no names (NULL)
1) 有没有更好的方法创建diagonalNetwork
的列表?
2) 如果没有,我该如何修改循环以生成正确结构的列表?
3) 是否应该使用完全不同的函数/包?
感谢您提供的任何帮助,我已经为此问题苦恼了一段时间。欢迎提供关于在SO上提问更好的方式的反馈。
澄清:
类似的问题在这里找到,将数据框转换为treeNetwork兼容列表。但是它依赖于一个数据结构,其中根始终在第一列中,其子项在后续列中,而不是像本问题中那样的边列表,这在igraph中通常使用。