在Windows上从批处理文件运行knitr

Question

我每天都会在我的Windows电脑上使用批处理文件运行一些自动报告。但是，如果我想使用.rmd文件并生成HTML输出，该怎么做呢？

因此，如果我使用普通的.R文件和批处理文件，这个方法对我有效：

"C:\R\R-3.0.1\bin\x64\Rscript.exe" --default-packages=methods 
"C:\R\R-3.0.1\bin\x64\Scripts\models.R"

但是，这不会：

"C:\R\R-3.0.1\bin\x64\Rscript.exe" --default-packages=methods,knitr 
"C:\R\R-3.0.1\bin\x64\Scripts\test_knitr.Rmd"

我尝试了一些受命令行启发的变体，例如：

"C:\R\R-3.0.1\bin\x64\Rscript.exe" --default-packages=methods,knitr 
knit("C:\R\R-3.0.1\bin\x64\Scripts\test_knitr.Rmd")

但迄今为止没有成功！我是一个完全不懂knitr/.rmd的新手，所以我甚至不确定是否能做到。

- Thorst

Answer 1

我使用类似的东西。

Rscript -e "require ('knitr'); knit ('test.Rmd')"

- cbeleites unhappy with SX

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但这是用于命令行的，对吧？批处理文件的语法不同吗？至少我已经尝试了很多你所写的变化，但无法使其工作。 - Thorst

如果您在批处理和命令行之间发现差异，这主要是由于涉及不同的路径。请尝试在批处理文件中首先执行cd <test.rmd的完整路径>。 - Dieter Menne

你可能还需要定义到 Rscript 的路径。这是我的解决方案："C:\Program Files\R\R-3.2.2\bin\x64\Rscript.exe" -e "library(knitr); knit('myFile.Rmd')"。 - Amit Kohli

Answer 2

我使用

"C:\Program Files\R\R-3.5.1\bin\Rscript.exe" -e "library('knitr'); knit('C:/Users/test_doc.Rmd')"
pause

就像“cbeleites支持Monica”所说，使用完整路径。

不要忘记，在R中我们必须使用“/”，而不是Windows中的“\”。

因此，在与Windows通信时，我们在R调用中使用“\”，而在knit中使用“/”与R通信。

希望这有所帮助。

- Gabriel T.