SLURM显示未完成作业的标准输出和标准错误信息

Question

我曾经使用带有LSF的服务器，但现在我刚刚转换到一个带有SLURM的服务器。

在SLURM中，bpeek（用于LSF）的等效命令是什么？

bpeek bpeek 显示未完成作业的stdout和stderr输出

我无法找到任何文档。如果您有关于SLURM的好参考资料，请让我知道。谢谢！

- Dnaiel

Answer 1

我刚学到在SLURM中不需要执行bpeek来检查当前标准输出和标准错误，因为它们会实时打印到指定的stdout和stderr文件中。

- Dnaiel

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虽然我的经验有限，但我从未遇到过这种情况，不过也许是缓存的原因。 - drevicko

我想补充一点，你可以使用scontrol show job <jobid>命令来确定标准输出和标准错误输出写入的位置。如果你有很多作业并且不能轻松跟踪哪个作业ID写入了哪个输出，这将非常有用。 - RHS

在我的情况下，在scontrol show job my_job_id中没有StdOut信息。我猜这意味着它没有保存在任何地方？ - Thomas Ahle

Answer 2

您可能还想查看sattach命令。

- damienfrancois

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sattach不信任我的作业ID（"无效的作业ID指定"）。我指定的ID与squeue输出的完全相同，尽管我不确定要使用哪个“step”。我在脚本中没有使用srun，这是否相关？我使用sbatch和一个带有一些Slurm参数、加载几个模块、cd后运行单个Python程序的bash脚本来运行我的作业。 - drevicko

显然，在批处理文件中可以有不同的步骤，drevicko。我不确定什么是步骤，但使用<jobid>.0使它对我起作用。（我猜不设置步骤意味着默认处于第0步。） - anderium

Answer 3

以下是我使用的一种解决方法。它模仿了 LSF 中的 bpeek 功能。

创建一个名为 bpeek.sh 的文件：

#!/bin/bash
# take as input an argument - slurm job id - and save it into a variable
jobid=$1
# run scontrol show job $jobid and save the output into a variable
#find the string that starts with StdOut= and save it into a variable without the StdOut= part
stdout=$(scontrol show job $jobid | grep StdOut= | sed 's/StdOut=//')
#show last 10 rows of the file if no argument 2 is given
nrows=${2:-10}
tail -f -n $nrows $stdout

然后您可以使用它： sh bpeek.sh JOBID NROWS(可选)

或者将别名添加到~/.bashrc文件中： alias bpeek="sh ~/bpeek.sh $1 $2"

然后使用它： bpeek JOBID NROWS(可选)

- Rafail Fridman