无法找到与基本名称相对应的Bowtie索引

Question

我是新手Bowtie用户。我正在尝试使用Bowtie进行本地端到端对齐。但是出现了以下错误信息：

Could not locate a Bowtie index corresponding to basename "/bowtie2-index/hg19"

在我的安装目录和bowtie2-index/hg19文件夹中，有六个bt2文件。我正在使用以下命令：

/opt/bowtie2/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -p 64 -x /mnt/miczfs/tide/bowtie2-index/hg19 -S /mnt/miczfs/tide/Data/chr2chr3/chr2chr3.sam -1 /mnt/miczfs/tide/Data/chr2chr3/chr2chr3.f1.fastq -2 /mnt/miczfs/tide/Data/chr2chr3/chr2chr3.f2.fastq

- Hamid_UMB

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你查看过手册了吗？http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml#getting-started-with-bowtie-2-lambda-phage-example - cel

是的...但我找不到任何有关添加hg19文件夹的有用信息。 - Hamid_UMB

Answer 1

这是一个长期存在的问题，我猜文档在这里不够明确。通过使用-x /mnt/miczfs/tide/bowtie2-index/hg19，您告诉Bowtie2您有类似于/mnt/miczfs/tide/bowtie2-index/hg19.1.bt2的文件应该被使用。您没有指定文件夹，而是指定了“基本名称”。您可能是想说-x /mnt/miczfs/tide/bowtie2-index/hg19/hg19或类似的东西。

- Devon Ryan