R脚本如何检测它是否被另一个脚本调用或引用

Question

R脚本如何检测它是否被另一个脚本调用或引用

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我写了一个脚本，当它被调用时会检查脚本是否以交互方式运行，使用 interactive() 进行检查。如果它是以交互方式运行的，则不会搜索命令行参数。然而，如果它不是以交互方式运行，它将搜索命令行参数并抛出错误。

通常情况下这没问题，但有时我会编写第二个 R 脚本，只是为了处理一些数据。所以 Script2 源代码中导入 Script1，而 Script1 检测到它不是以交互方式运行，并开始搜索命令行参数并抛出错误。

除了 interactive() 之外，脚本还能以其他方式检测上下文吗？例如，当直接运行脚本时，我希望有不同的行为与当加载其内部函数访问时。对于包，我可以像这样使用 dplyr :: arrange() 访问 arrange，而无需加载所有 dplyr。

编辑：我的当前非常拙劣的解决方法是启动一个交互式会话，源代码中导入 Script1，使用 save.image() 来保存函数，然后在 Script2 中使用 load 加载保存的 .RData 文件。但显然这不是...优雅的方法。

我认为我使用的确切代码并不那么重要，但如果有人觉得这对答案很重要，我会包括在内...

精简示例代码：

#!/usr/bin/env Rscript

library(optparse)

function1 <- function(etc,etc) {}
function2 <- function(etc,etc) {}

if(!interactive()) { 

    # example call
    # Rscript create_reference_file.R -c cd4cd8 -o /home/outputfolder/ 

    option_list = list(
        make_option(c('-c', '--cell'), type = 'character', default = NULL,
                    help = 'the name of the cell',
                    metavar = 'character'),
        make_option(c('-o','--outdir'), type = 'character', default = NULL, 
                    help = 'the location where you wish to store your output',
                    metavar = 'character'),
    )

    opt_parser <- OptionParser(option_list = option_list)
    opt <- parse_args(opt_parser)

    function1(opt); function2(opt) # etc etc, I do stuff with the opt inputs
}

- Brandon

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你是在寻找类似于Python中的 if __name__ == '__main__': 这样的东西，对吗？ - r2evans

如果你不懂Python，这里有一些关于那个引用的背景信息：https://dev59.com/bHRC5IYBdhLWcg3wD87r - r2evans

是的！那基本上就是我正在寻找的相同功能（或者能够实现类似结果的东西）。 - Brandon

1个回答

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- r2evans · Accepted Answer

编辑

好的，这更像是 Python 的__name__技巧。（下面是以前的回答，仅供参考。）

function1 <- function(etc,etc) {}
function2 <- function(etc,etc) {}

if (sys.nframe() == 0L) {
    library(optparse)
    # ...
}

这个方法非常简洁，而且无需调用脚本了解任何信息，即使在嵌套时也能很好地工作。

其他可能的机制可以使用（需要额外的函数），通过查看脚本名称，参考Rscript：确定正在执行的脚本的路径。那里存在许多可行的（一些真正好的）解决方案，但它们都需要预定义的函数未在基础包中定义（或包含在要源化的脚本中的非平凡代码）。如果您想“假设安装了X软件包”，那么您的脚本就有可能不可移植。

（前面的回答，我建议您使用上面的方法。）

我提出这个技巧…它只比您的解决方法稍微好一点，但它依赖于调用脚本知道被调用的脚本正在测试什么。

如果调用脚本设置一个变量：

BEING_SOURCED_FROM_SOMEWHERE <- TRUE

然后被调用的脚本可以检查它：

function1 <- function(etc,etc) {}
function2 <- function(etc,etc) {}

if (! exists("BEING_SOURCED_FROM_SOMEWHERE")) {
  library(optparse)
  # ...
}

我不喜欢它。它没有Python灵活。

if __name__ == "__main__":
    import optparse
    # ...

但是我认为我对此不太反感，相比你在函数定义中使用 save 和 load。