igraph包在R语言中的neighbors函数

Question

首先我想说，我已经阅读了关于“igraph”包邻居函数的问题的答案，并尝试解决我的问题，但是我没有成功。我试图在后续评论中提出我的问题，但由于声誉较低，我无法这样做，因此我开了这个新问题。现在我的问题如下： 我遇到了与邻居函数相同的问题，就像这篇文章中所解释的那样："igraph” package neighbor function，但是当我尝试使用Gabor Csardi提供的解决方案时，我只收到了空值作为结果。我也在这里附上了我的代码的一部分。非常感谢任何帮助和答案。 我的表格：

edgelist <- read.table(text = "
1 2
2 3
3 4
4 5
3 6
6 7")
library(igraph)
graph <- graph.data.frame(edgelist)

str(graph)
## IGRAPH DN-- 7 6 -- 
## + attr: name (v/c)
## + edges (vertex names):
## [1] 1->2 2->3 3->4 4->5 3->6 6->7

现在如果我想要节点3的相邻节点，应该是

2, 4, 6

但是我得到的结果是：

2, 4, 5

我注意到它改变了我的节点顺序。正如我之前解释的那样，我尝试了在stackoverflow上找到的解决方案，但结果为null：

graph$name[neighbors(graph, 3)]
   NULL

我不知道还能做什么， 非常感激任何帮助。

- tolou

Answer 1

在开始之前，您应该注意不要混淆给定顶点的标签/名称和索引/编号。当您同时使用标签和索引时，事情很快变得混乱。为避免所有混淆，我在此处使用字母。

edgelist <- read.table(text = "
A B
B C
C D
D E
C F
F G")  

library(igraph)
graph <- graph.data.frame(edgelist)
str(graph)
#IGRAPH DN-- 7 6 -- 
# + attr: name (v/c)
# + edges (vertex names):
# [1] A->B B->C C->D D->E C->F F->G

为了看清我们正在处理的内容，我们将其绘制出来：

plot(graph)

要获取邻居的索引，可以这样做： （记住有一个mode参数）

neighbors(graph, 3, mode = "total")  # Index of neighbours by index
## [1] 2 4 5
neighbors(graph, "C", mode = "total")  # Index of neighbours by label
## [1] 2 4 5

要按照Gabor的建议进行操作，您需要执行以下步骤。（我认为他错过了V( )并在他的帖子中写了graph$name，当他想表达的是V(graph)$name）

# Label of neighbours by label
V(graph)$name[neighbors(graph, "C", mode = "total")]
## [1] "B" "D" "F"

这提供了相应“邻居”的标签。这与图像一致。

编辑 哎呀，我搞砸了。使用了E()而不是V()。它似乎按预期工作。抱歉。

编辑2 要查看邻居（诱导子图）的绘图，您可以执行以下操作：

n <- neighbors(graph, "C", mode = "total")

subgraph <- induced.subgraph(graph, n)
plot(subgraph)

在这种情况下，子图相当无聊。您可能还想包括相关的顶点：

subgraph2 <- induced.subgraph(graph, c(n, V(graph)["C"]))
plot(subgraph2)

- Anders Ellern Bilgrau

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@Anders：非常好的回答！你如何将“file = neighbors(graph, 3, mode = "total")”转换为igraph对象？ - stats_noob

假设我想绘制：plot(neighbors(graph, 3, mode = "total")) .... 这可行吗？ - stats_noob

@stats_noob 在这种情况下，你会期望什么？我猜你要么想要子图的1）仅包括邻居或者2）包括邻居和相关顶点。我已经编辑了答案来展示两种情况。 - Anders Ellern Bilgrau

Answer 2

或者，你可以使用 which 函数来获取你想要的索引：

neighbors(g,which(V(g)$name %in% 'A'),mode='in')

- katie lu