对向量子集进行滚动应用

Question

我希望在R中对向量的逐步子集应用函数。我查看了相关资料，发现apply及其相关函数并不完全符合要求，而rollapply仅适用于zoo/ts对象，而不能直接使用于向量。

vapply <- function(x, n, FUN=sd) {
    v <- c(rep(NA, length(x)))
    for (i in n:length(x) ) {  
        v[i] <- FUN(x[(i-n+1):i])
    }
    return(v)
}

有没有类似的内置功能？是否有更好的方法实现？我试图避免依赖第三方库，因为代码需要独立分发。

- dizzy

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你能给我们一些数据（和期望的结果）来进行测试吗？ - Roman Luštrik

我建议你不要将其命名为vapply，因为这已经是一个广泛使用的函数名称（快速向量应用）。 - Andrie

这只是一个小问题，但我认为rollapply在原子向量上的使用还是没问题的，只不过它会先将其转换为 zoo 对象。所以，这仍然违反了您避免依赖项的要求。 - joran

关于您所期望的“独立运行”条件的评论：任何要使用您分发的R代码（或软件包）的人都不会在安装CRAN上可用的任何软件包方面遇到问题。但是，如果您真的很担心，只需将所需的库与您的分发一起包含 - 内置于您的软件包中，或作为您的zip / tarball /任何发行版的一部分。 - Carl Witthoft

joran我遇到了与这个rollapply(1:100, width=10, FUN=sd)相当的问题。Carl，这不是一个真正的障碍，但我不能假设它将在有网络连接的机器上使用，并且更愿意避免维护这种相对琐碎的依赖性。谢谢大家的阅读。 - dizzy

Answer 1

看到你选择的函数名，我就不得不做一个实际上使用 vapply 的版本 :) ......结果在下面的示例中快了约50%。但这当然在很大程度上取决于 FUN 中完成了多少工作......

# Your original version - renamed...
slideapply.org <- function(x, n, FUN=sd) {
    v <- c(rep(NA, length(x)))
    for (i in n:length(x) ) {  
        v[i] <- FUN(x[(i-n+1):i])
    }
    return(v)
}

slideapply <- function(x, n, FUN=sd, result=numeric(1)) {
    stopifnot(length(x) >= n) 
    FUN <- match.fun(FUN)
    nm1 <- n-1L
    y <- vapply(n:length(x), function(i) FUN(x[(i-nm1):i]), result)

    c(rep(NA, nm1), y) # Why do you want NA in the first entries?
}

x <- 1:2e5+0 # A double vector...
system.time( a <- slideapply.org(x, 50, sum) )  # 1.25 seconds
system.time( b <- slideapply(x, 50, sum) )      # 0.80 seconds
identical(a, b) # TRUE

- Tommy

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非常酷，谢谢！我想要额外的NA值，这样我就可以将它与现有的数据框进行列绑定。 - dizzy