用NA替换NaN

Question

假设有以下数据表：

DT <- data.table(a=c(1,2,3,4,5,6),b=c(NaN,NaN,NaN,4,5,6),c=c(NaN,3,3,3,NaN,NaN))

我该如何将每列中的所有NaN值替换为NA？寻求一种简洁的方法来实现这一点，但我也想知道是否可以使用lapply来实现，就像我下面尝试的那样。

迄今为止，我的方法如下：

DT[,lapply(SD,function(x){x[is.nan(x)] := NA}),.SDcols=c("a","b","c")]  

我的代码的实际结果是：

Error in := (x [is.nan（x）]，NA)： 检查 is.data.table（DT）== TRUE。否则，:= 和 :=（...）仅在特定方式下用于 j 中一次。请参阅帮助文件“:=”。

- User878239

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请参考Matt Dowle在此处的答案：https://dev59.com/cmw05IYBdhLWcg3wcReu#7249454 您需要使用for(j in names(DT)) { set(DT, which(is.nan(DT[[j]])), j, NA) }。 - markus

@markus 谢谢，就是这样。我之前没看到这篇帖子，谢谢。似乎需要使用一个好老的for循环和set :) - User878239

很高兴它起作用了。set实际上非常快，所以不要被循环“蒙蔽”。 - markus

Answer 1

你可以轻松使用dplyr的mutate_all函数完成它。

DT <- DT %>% mutate_all(~ifelse(is.nan(.), NA, .))
print(DT)
#a  b  c
# 1 NA NA
# 2 NA  3
# 3 NA  3
# 4  4  3
# 5  5 NA
# 6  6 NA

上述代码等同于

DT %>% mutate_all(function(x) ifelse(is.nan(x), NA, x))

以下是使用data.table语法的一种方法。我不确定是否有更简单的方法。

DT[, names(DT) := lapply(.SD, function(x) ifelse(is.nan(x), NA, x))]

编辑：如下评论中 Markus 发布的替代方法。

DT[, lapply(.SD, function(x) replace(x, is.nan(x), NA))]

- Dave Rosenman

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谢谢，但那不是dplyr的语法吗？如果可能的话，我想坚持使用datatable只进行一次操作。 - User878239

我用data.table语法编辑了我的回复，提供了一种方法来完成它。我主要使用dplyr，所以我不确定是否有比我发布的方法更简单的使用data.table的方法。 - Dave Rosenman

谢谢，这种新的方法很好用，但我也想指出评论中 Markus 的解决方案。我会接受它，因为你付出了努力，并且它也很有效。 - User878239

@DavidRosenman 使用set的优点在于它可以通过引用进行替换（https://cran.r-project.org/web/packages/data.table/vignettes/datatable-reference-semantics.html）。使用您的解决方案需要执行“DT <- DT [，...]”操作。而且您可以避免使用ifelse函数，尝试使用replace函数代替：“DT <- DT[, lapply(.SD，function(x) replace(x, is.nan (x), NA))]”。最佳方案。 - markus

DT %>% mutate(across(everything(), ~ifelse(is.nan(.), NA, .))) is how you can do it with across() that superseded mutate_all() - Paul Schmidt

mutate_all方法将POSIXct值更改为整数。我无法解决lapply的方法，因为它们会出现“Error: object '.SD' not found.”的错误。有没有一种可行的方法可以替换NaN为NA或NULL，而不改变数据类型？ - MikeB

Answer 2

你想要像这样的东西：

DT[DT == "NaN"] <- NA

理想情况下，这应该找到所有的NaN并用NA替换它。如果有更好的方法，请告诉我！

希望这可以帮到你！

- Lasarus9

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谢谢，但我的NaN不是字符，所以你的代码不起作用：Error in [.data.table(DT, DT == "NaN") : i是无效类型（矩阵） - User878239

此外，NaN与任何值（包括自身）都不相等。请参见is.nan进行正确的测试。否则，您的想法是正确的。 - Matthew Lundberg