在R中将成对距离转换为距离矩阵

Question

我有一些成对距离需要显示并转换为距离矩阵。 R应该有相应的函数，但我不确定是哪个函数或如何使用它。我的数据如下所示：

A1  A1  0.90
A1  B1  0.85
A1  C1  0.45
A1  D1  0.96
B1  B1  0.90
B1  C1  0.85
B1  D1  0.56
C1  C1  0.55
C1  D1  0.45
D1  D1  0.90

我希望将其转换/显示为以下内容。

      A1      B1      C1      D1
A1    0.90    0.85    0.45    0.96
B1            0.90    0.85    0.56
C1                    0.55    0.45
D1                            0.90

我该怎么办？谢谢。

- user45270

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也许可以操纵?xtabs的输出？ xtabs（DF [，3]〜DF [，1] + DF [，2]） - alexis_laz

@alexis_laz - 那应该是一个答案。?as.table 中的示例说明：xtabs() <-> as.data.frame.table() - thelatemail

Answer 1

您可以使用reshape函数：

df <- read.table(textConnection("
A1  A1  0.90
A1  B1  0.85
A1  C1  0.45
A1  D1  0.96
B1  B1  0.90
B1  C1  0.85
B1  D1  0.56
C1  C1  0.55
C1  D1  0.45
D1  D1  0.90"))

dfr <- reshape(df, direction="wide", idvar="V2", timevar="V1")
dfr
#   V2 V3.A1 V3.B1 V3.C1 V3.D1
# 1 A1  0.90    NA    NA    NA
# 2 B1  0.85  0.90    NA    NA
# 3 C1  0.45  0.85  0.55    NA
# 4 D1  0.96  0.56  0.45   0.9

d <- as.dist(dfr[, -1])
d
#      1    2    3
# 2 0.85          
# 3 0.45 0.85     
# 4 0.96 0.56 0.45

# reset labels
attr(d, "Labels") <- dfr[, 1]
d
#      A1   B1   C1
# B1 0.85          
# C1 0.45 0.85     
# D1 0.96 0.56 0.45

@alexis_laz提到的解决方案似乎更加优雅：

as.dist(xtabs(df[, 3] ~ df[, 2] + df[, 1]))
#      A1   B1   C1
# B1 0.85          
# C1 0.45 0.85     
# D1 0.96 0.56 0.45

- sgibb

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但是我怎么才能把标签改回来，而不是1、2、3？ - user45270

请看我的编辑。顺便说一句，我真的很喜欢@alexis_laz的解决方案。 - sgibb

是的！xtabs解决方案可行。但我还想要A1、B1、C1和D1的值本身。也就是A1-A1，B1-B1等等。如何在表格中获得这些值？ - user45270

@user45270：我不太确定，但我认为dist类不保存对角线的值（因为它们大多是1或0）。顺便问一下，为什么你的对角线值不同于0/1，并且在A1-A1和C1-C1之间也不同呢？ - sgibb

嘿，这些值是物种间和同一物种内的DNA序列相似性。在这个属中发生了一些奇怪的事情，或者测序过程中可能出现了技术错误。 - user45270