使用Bokeh根据Networkx节点属性对节点进行颜色编码

Question

我正在尝试使用bokeh创建交互式网络可视化。我知道如何向bokeh图表添加属性数据，但不确定如何根据节点属性分配填充颜色。

我一直在关注所有我能找到的bokeh示例，但似乎无法弄清楚。

如何调整下面的代码以按其NetworkX节点属性着色节点？

import networkx as nx
from bokeh.io import show, output_notebook
from bokeh.plotting import figure
from bokeh.models import Circle, HoverTool, TapTool, BoxSelectTool
from bokeh.models.graphs import from_networkx

output_notebook()

# create a sample graph
G = nx.karate_club_graph()

# create the plot
plot = figure(x_range=(-1.1, 1.1), y_range=(-1.1, 1.1))

# add tools to the plot
plot.add_tools(HoverTool(tooltips=[("Name", "@name"), 
                                   ("Club", "@club")]), 
               TapTool(), 
               BoxSelectTool())

# create bokeh graph
graph = from_networkx(G, nx.spring_layout, iterations=1000, scale=1, center=(0,0))

# add name to node data
graph.node_renderer.data_source.data['name'] = list(G.nodes())

# add club to node data
graph.node_renderer.data_source.data['club'] = [i[1]['club'] for i in G.nodes(data=True)]

# set node size
graph.node_renderer.glyph = Circle(size=10)

plot.renderers.append(graph)
show(plot)

- CurtLH

Answer 1

这个问题有点模糊，所以我不确定下面的代码是否完全符合您的要求。（“node”属性是您复制到“names”列中的内容吗？我认为是...）但无论如何，您可以使用linear_cmap按任何CDS列对fill_color进行颜色映射：

from bokeh.transform import linear_cmap
graph.node_renderer.glyph = Circle(
    size=10, 
    fill_color=linear_cmap('name', 'Spectral8', min(G.nodes()), max(G.nodes()))
)

如果该列是字符串因子，您也可以使用factor_cmap。

- bigreddot

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我的原始问题的目标是按照分类节点属性“club”而不是节点名称来着色图形。 - CurtLH

那么现在你需要手动将属性数据复制到CDS中的一列，然后使用上面的答案。有一个开放的Pull Request，可以自动将节点和边缘属性添加到数据源中，这将在下一个版本中发布。 - bigreddot

太棒了！感谢您的跟进！ - CurtLH

@CurtLH：您应该考虑给这个答案点赞或接受它。 - Richard

@bigreddot 最新版本的bokeh现在是否支持这个功能？ - edc505

以前是不可能的。如果您询问属性现在是否自动复制到CDS中，则是的，自从很多版本以前就实现了。 - bigreddot