Python中的科学报告

Question

我正在进行一项科学Python项目，执行大量计算生成许多数据。

问题在于当需要从这些数据中生成报告时，嵌入图像（大多数是使用matplotlib计算）时。我想使用Python模块或工具来描述报告并为这些报告“构建”HTML页面（或任何浏览器支持的格式）。

我考虑生成一个ipython笔记本，但我无法找到是否有方法这样做（除了创建json，但我对此方法表示怀疑）。

另一种方法是使用Sphinx，有点像matplotlib，但我不确定如何真正微调我的各个页面的布局。

最后一种选择是使用jinja2模板（或django-templates或任何工作的模板引擎），并嵌入matplotlib代码。

我知道这很模糊，但无法找到任何参考资料。

- LB40

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我猜你得自己为HTML页面添加样式，因为没有现成的模块可用。 - tamasgal

似乎可以保存和导入Python文件到ipython笔记本中，而不是JSON。然而，一个ipython笔记本将包含所有的命令并生成所有的文件（再次），因此对于一个适当的报告来说，可能不是最合适的选项。 - user707650

@Evert 是的，这终于是我所想的。 - LB40

@septi 我只是想确认一下。谢谢。 - LB40

Answer 1

nbconvert已经合并到IPython本身中了，因此请不要再使用独立版本。现在它完全基于模板，所以您可以通过调整css、完全重写您的模板或仅覆盖您想要的当前部分的模板来更改内容。

Notebook格式是一个纯json文件，编写一个循环程序并重新运行代码单元格只需要大约20行代码。加上命令行参数，编写一个“模板”笔记本并在多个数据集上运行它而无需打开浏览器也不难。

一些资源：

以编程方式运行nbconvert，并运行一个无头（第一个链接）笔记本

- Matt

Answer 2

我认为你想在IPython笔记本中工作，然后使用nbconvert。

目前，这是一个独立的实用程序，已经可以使用（虽然有一些安装障碍，但是可以使用），但它目前正在直接实现到IPython笔记本机制中，我相信应该在秋季发布。

目标是（Fernando Perez已经证明这是可行的），将笔记本转换成完全记录、包含图像的PDF文档。

- K.-Michael Aye

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笔记本是您实际的数据分析工具，这就是为什么它如此方便，可以转换为报告。即使在您拥有最终的Python脚本来进行分析之前，您也会尝试在笔记本中使用该代码的部分。一旦您找到了有效的代码片段，您将把它们复制到一个更完整的Python脚本中，然后可以从笔记本中调用该脚本，包括matplotlib绘图命令，这些命令也会显示在笔记本中（请参见ericmjl的答案如何启动它）。这样，您的笔记本就会变得越来越小，而您的工具则会不断增长。 - K.-Michael Aye

但是当您深入挖掘数据时，笔记本的探索性质从未丢失，这是值得报告的好事情。 - K.-Michael Aye

nbconvert已经合并到IPython-dev中，不再是独立的了。 - Matt

@Matt，这就是我在第二段评论中的原因。LB，你以前从未提到过你对_style_有问题？我相信，nbconvert支持主题化。 - K.-Michael Aye

是的，我的意思是“不要使用独立版本，它已经不存在了，你必须使用IPython dev。”否则，IPython 1.0的最后期限是一周。 （是的，我们会晚些） - Matt

Answer 3

使用ipython笔记本的内联模式，您可以在浏览器中交互地执行matplotlib脚本（从而生成绘图）。然后转到“文件”->“打印预览”（在笔记本菜单中，而不是浏览器菜单），并保存生成的html文件（通过浏览器菜单）。这将包括您之前生成的所有绘图以及python代码。当然，您无法再修改这些html文件而不使用后台的笔记本服务器。这是您的意思吗？

- ala

Answer 4

我刚刚发现了这个旧问题，想要添加PWeave到列表中。它非常适合从Python代码/Jupyter笔记本生成报告。我使用它与那些没有深入学习编程的同事分享我的工作。

它还可以与Spyder集成，这是Python的科学IDE，使用spyder-reports模块。

- flurble