我正在使用python中的rpy2,按照@lgautier的建议,使用grid
将两个不同的图形合并到网格布局中。顶部图形是密度图,底部图形是条形图:
iris = r('iris')
import pandas
# define layout
lt = grid.layout(2, 1)
vp = grid.viewport(layout = lt)
vp.push()
# first plot
vp_p = grid.viewport(**{'layout.pos.row': 1, 'layout.pos.col':1})
p1 = ggplot2.ggplot(iris) + \
ggplot2.geom_density(aes_string(x="Sepal.Width",
colour="Species")) + \
ggplot2.facet_wrap(Formula("~ Species"))
p1.plot(vp = vp_p)
# second plot
mean_df = pandas.DataFrame({"Species": ["setosa", "virginica", "versicolor"],
"X": [10, 2, 30],
"Y": [5, 3, 4]})
mean_df = pandas.melt(mean_df, id_vars=["Species"])
r_mean_df = get_r_dataframe(mean_df)
p2 = ggplot2.ggplot(r_mean_df) + \
ggplot2.geom_bar(aes_string(x="Species",
y="value",
group="variable",
colour="variable"),
position=ggplot2.position_dodge(),
stat="identity")
vp_p = grid.viewport(**{'layout.pos.row': 2, 'layout.pos.col':1})
p2.plot(vp = vp_p)
我得到的结果接近于我想要的,但是图表不完全对齐(由我添加的箭头所示):
![enter image description here](https://istack.dev59.com/ZRlH8.webp)
position_dodge
的分组条形图时,差异可能会变得非常大,并且图表不对齐。标准的ggplot解决方案不能轻松地转换为rpy2:
arrange
在gridExtra
中似乎是 grid_arrange
:>>> gridExtra = importr("gridExtra")
>>> gridExtra.grid_arrange
<SignatureTranslatedFunction - Python:0x430f518 / R:0x396f678>
ggplotGrob
在ggplot2
中不可访问,但可以通过以下方式访问:
>>> ggplot2.ggplot2.ggplotGrob
虽然我不知道如何访问grid::unit.pmax
:
>>> grid.unit
<bound method type.unit of <class 'rpy2.robjects.lib.grid.Unit'>>
>>> grid.unit("pmax")
Error in (function (x, units, data = NULL) :
argument "units" is missing, with no default
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in (function (x, units, data = NULL) :
argument "units" is missing, with no default
因此,不清楚如何将标准的ggplot2解决方案翻译成rpy2。
编辑:正如其他人指出的那样,grid::unit.pmax
是grid.unit_pmax
。然而,我仍然不知道如何在rpy2中访问grob
对象的widths
参数,这是必要的,以将图形的宽度设置为更宽的图形的宽度。我有:
gA = ggplot2.ggplot2.ggplotGrob(p1)
gB = ggplot2.ggplot2.ggplotGrob(p2)
g = importr("grid")
print "gA: ", gA
maxWidth = g.unit_pmax(gA.widths[2:5], gB.widths[2:5])
gA.widths
不是正确的语法。 grob
对象 gA
的输出为:
gA: TableGrob (8 x 13) "layout": 17 grobs
z cells name grob
1 0 ( 1- 8, 1-13) background rect[plot.background.rect.350]
2 1 ( 4- 4, 4- 4) panel-1 gTree[panel-1.gTree.239]
3 2 ( 4- 4, 7- 7) panel-2 gTree[panel-2.gTree.254]
4 3 ( 4- 4,10-10) panel-3 gTree[panel-3.gTree.269]
5 4 ( 3- 3, 4- 4) strip_t-1 absoluteGrob[strip.absoluteGrob.305]
6 5 ( 3- 3, 7- 7) strip_t-2 absoluteGrob[strip.absoluteGrob.311]
7 6 ( 3- 3,10-10) strip_t-3 absoluteGrob[strip.absoluteGrob.317]
8 7 ( 4- 4, 3- 3) axis_l-1 absoluteGrob[axis-l-1.absoluteGrob.297]
9 8 ( 4- 4, 6- 6) axis_l-2 zeroGrob[axis-l-2.zeroGrob.298]
10 9 ( 4- 4, 9- 9) axis_l-3 zeroGrob[axis-l-3.zeroGrob.299]
11 10 ( 5- 5, 4- 4) axis_b-1 absoluteGrob[axis-b-1.absoluteGrob.276]
12 11 ( 5- 5, 7- 7) axis_b-2 absoluteGrob[axis-b-2.absoluteGrob.283]
13 12 ( 5- 5,10-10) axis_b-3 absoluteGrob[axis-b-3.absoluteGrob.290]
14 13 ( 7- 7, 4-10) xlab text[axis.title.x.text.319]
15 14 ( 4- 4, 2- 2) ylab text[axis.title.y.text.321]
16 15 ( 4- 4,12-12) guide-box gtable[guide-box]
17 16 ( 2- 2, 4-10) title text[plot.title.text.348]
更新:在访问宽度方面取得了一些进展,但仍无法翻译出解决方案。要设置 grobs 的宽度,我有以下方法:
# get grobs
gA = ggplot2.ggplot2.ggplotGrob(p1)
gB = ggplot2.ggplot2.ggplotGrob(p2)
g = importr("grid")
# get max width
maxWidth = g.unit_pmax(gA.rx2("widths")[2:5][0], gB.rx2("widths")[2:5][0])
print gA.rx2("widths")[2:5]
wA = gA.rx2("widths")[2:5]
wB = gB.rx2("widths")[2:5]
print "before: ", wA[0]
wA[0] = robj.ListVector(maxWidth)
print "After: ", wA[0]
print "before: ", wB[0]
wB[0] = robj.ListVector(maxWidth)
print "after:", wB[0]
gridExtra.grid_arrange(gA, gB, ncol=1)
它能运行但不能正常工作。输出结果如下:
[[1]]
[1] 0.740361111111111cm
[[2]]
[1] 1null
[[3]]
[1] 0.127cm
before: [1] 0.740361111111111cm
After: [1] max(0.740361111111111cm, sum(1grobwidth, 0.15cm+0.1cm))
before: [1] sum(1grobwidth, 0.15cm+0.1cm)
after: [1] max(0.740361111111111cm, sum(1grobwidth, 0.15cm+0.1cm))
更新2:正如@baptiste所指出的那样,展示我试图在rpy2中复制的纯R版本会很有帮助。以下是纯R版本:
df <- data.frame(Species=c("setosa", "virginica", "versicolor"),X=c(1,2,3), Y=c(10,20,30))
p1 <- ggplot(iris) + geom_density(aes(x=Sepal.Width, colour=Species))
p2 <- ggplot(df) + geom_bar(aes(x=Species, y=X, colour=Species))
gA <- ggplotGrob(p1)
gB <- ggplotGrob(p2)
maxWidth = grid::unit.pmax(gA$widths[2:5], gB$widths[2:5])
gA$widths[2:5] <- as.list(maxWidth)
gB$widths[2:5] <- as.list(maxWidth)
grid.arrange(gA, gB, ncol=1)
我认为这通常适用于ggplot2中具有不同facet的带有图例的两个面板,我想在rpy2中实现这一点。
更新3:通过逐个构建一个FloatVector
元素来实现几乎可以工作:
maxWidth = []
for x, y in zip(gA.rx2("widths")[2:5], gB.rx2("widths")[2:5]):
pmax = g.unit_pmax(x, y)
print "PMAX: ", pmax
val = pmax[1][0][0]
print "VAL->", val
maxWidth.append(val)
gA[gA.names.index("widths")][2:5] = robj.FloatVector(maxWidth)
gridExtra.grid_arrange(gA, gB, ncol=1)
然而,这会导致段错误/核心转储:
Error: VECTOR_ELT() can only be applied to a 'list', not a 'double'
*** longjmp causes uninitialized stack frame ***: python2.7 terminated
======= Backtrace: =========
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__fortify_fail+0x37)[0x7f83742e2817]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x10a78d)[0x7f83742e278d]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__longjmp_chk+0x33)[0x7f83742e26f3]
...
7f837591e000-7f8375925000 r--s 00000000 fc:00 1977264 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/gconv/gconv-modules.cache
7f8375926000-7f8375927000 rwxp 00000000 00:00 0
7f8375927000-7f8375929000 rw-p 00000000 00:00 0
7f8375929000-7f837592a000 r--p 00022000 fc:00 917959 /lib/x86_64-linux-gnu/ld-2.15.so
7f837592a000-7f837592c000 rw-p 00023000 fc:00 917959 /lib/x86_64-linux-gnu/ld-2.15.so
7ffff4b96000-7ffff4bd6000 rw-p 00000000 00:00 0 [stack]
7ffff4bff000-7ffff4c00000 r-xp 00000000 00:00 0 [vdso]
ffffffffff600000-ffffffffff601000 r-xp 00000000 00:00 0 [vsyscall]
Aborted (core dumped)
更新: 赏金已经结束。感谢收到的答案,但是两个答案都没有使用rpy2,这是一个关于rpy2的问题,所以技术上来说这些答案不是相关主题。虽然像@baptiste指出的那样,在一般情况下可能没有解决这个问题的方法,但是有一个简单的R语言解决方案,问题就是如何将其翻译成rpy2。
unit.pmax
是一个与unit
分开的函数(尽管两者都在grid
包中)。在grid=importr("grid")
之后,Python中是否有grid.unit.pmax
可用?或者rpy
是否对与S3方法调度无关的函数名称中的点进行了一些翻译? - Brian Diggsgrid::unit.pmax
将变成grid.unit_pmax
。 - baptistewA
和wB
是否已经被正确更新了呢? - user248237