Bokeh: 模型必须只属于单个文档

Question

我正在使用Jupyter笔记本与Bokeh 0.12.2一起工作，经常会出现关于“模型必须仅由一个文档拥有”的异常：

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RuntimeError                              Traceback (most recent call last)
<ipython-input-23-f50ac7abda5e> in <module>()
      2     ea.legend.label_text_font_size = '10pt'
      3 
----> 4 show(column([co2, co, nox, o3]))

C:\Users\pokeeffe\AppData\Local\Continuum\Anaconda3\lib\site-packages\bokeh\io.py in show(obj, browser, new, notebook_handle)
    308     '''
    309     if obj not in _state.document.roots:
--> 310         _state.document.add_root(obj)
    311     return _show_with_state(obj, _state, browser, new, notebook_handle=notebook_handle)
    312 

C:\Users\pokeeffe\AppData\Local\Continuum\Anaconda3\lib\site-packages\bokeh\document.py in add_root(self, model)
    443             self._roots.append(model)
    444         finally:
--> 445             self._pop_all_models_freeze()
    446         self._trigger_on_change(RootAddedEvent(self, model))
    447 

C:\Users\pokeeffe\AppData\Local\Continuum\Anaconda3\lib\site-packages\bokeh\document.py in _pop_all_models_freeze(self)
    343         self._all_models_freeze_count -= 1
    344         if self._all_models_freeze_count == 0:
--> 345             self._recompute_all_models()
    346 
    347     def _invalidate_all_models(self):

C:\Users\pokeeffe\AppData\Local\Continuum\Anaconda3\lib\site-packages\bokeh\document.py in _recompute_all_models(self)
    367             d._detach_document()
    368         for a in to_attach:
--> 369             a._attach_document(self)
    370         self._all_models = recomputed
    371         self._all_models_by_name = recomputed_by_name

C:\Users\pokeeffe\AppData\Local\Continuum\Anaconda3\lib\site-packages\bokeh\model.py in _attach_document(self, doc)
     89         '''This should only be called by the Document implementation to set the document field'''
     90         if self._document is not None and self._document is not doc:
---> 91             raise RuntimeError("Models must be owned by only a single document, %r is already in a doc" % (self))
     92         doc.theme.apply_to_model(self)
     93         self._document = doc

RuntimeError: Models must be owned by only a single document, <bokeh.models.tickers.DaysTicker object at 0x00000000042540B8> is already in a doc

触发器总是调用show(...)（尽管在内核启动后的第一次调用时不会，只有随后的调用才会执行）。

根据文档，我以为reset_output()会将我的笔记本恢复到可操作状态，但异常仍然存在。通过试错，我已经确定还需要重新定义传递给show()的所有内容。这使得交互式工作变得繁琐且容易出错。

[引用]:

reset_output(state=None)

  清除所有输出模式的默认状态。

  返回值: None

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• 我对reset_output()的理解正确吗 -- 它是否应该解决导致此异常的情况？

• 否则，我该如何避免这种异常？

- patricktokeeffe

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我的第一个建议是升级。 Bokeh和Notebook都是非常大的，跨运行时的东西，将它们集成在一起是持续改进的挑战。我知道自从0.12.2以来有些工作已经完成，尽管我没有时间去研究细节。否则，请发布完整的代码示例以进行检查/尝试。例如，我知道多次显示相同的图表是可以正常工作的（我只是为了确认而尝试了），因此如果没有测试笔记本来重现该问题，则无法猜测您的具体问题是什么。 - bigreddot

Answer 1

可能是因为存在具有相同名称的冲突对象。您需要每次创建全新的对象。

- Reza

Answer 2

我一直在使用jupyterlab笔记本迭代大量数据的可视化，使用bokeh、holoviews和panel，但不时遇到此问题。

下面是几个可能有帮助的细节。请注意，p被用作bokeh习惯性的图形名称。我在这个旧的线程上发布，因为它是我在Google搜索中找到的错误信息的最佳结果之一。

尝试清除文档（在文档中可以找到）。

from bokeh.io import curdoc

curdoc().clear()

我注意到 Panel 可以展示 Bokeh 对象，即使 Bokeh show 不能。

import panel as pn

pn.extension()

pn.pane.Bokeh(p)

深入研究了一下，发现在bokeh无法显示对象的情况下，panel是如何实现显示对象的。我注意到这个函数，它解决了我的问题。

import panel as pn

pn.io.model.remove_root(p)

如果您尚未安装面板，这里是上述代码的源代码：

from bokeh.models import Model

for model in p.select({'type': Model}):
    prev_doc = model.document
    model._document = None
    if prev_doc:
        prev_doc.remove_root(model)

希望这能对某人有所帮助，或者对未来的我有用。

- Brian Larsen

Answer 3

这个解决方案无需升级或降级软件包即可实现。

try:
    reset_output()
    output_notebook()
    show(p)
except:
    output_notebook()
    show(p)

这里提供的解决方案是： https://github.com/bokeh/bokeh/issues/8579

- Snehal Nair

Answer 4

似乎可以通过区分源名称来修复它，就像这样：

source1 = df
p1.circle('A', 'B', source=source1)

source2 = df
p2 = figure()
p2.circle('C', 'D', source=source2)

sourceN = df
p2 = figure()
p2.circle('X', 'Y', source=sourceN)

- Scorpioooooon21

Answer 5

我在使用bokeh.embed的file_html时遇到了这个错误信息，升级到bokeh版本1.01后出现了这个问题。将bokeh版本降级到0.12.16后问题得到解决。(pip install bokeh==0.12.16) 不确定原因。

- Joris

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从1.0.1版本降级到0.13.0版本解决了我的问题。 - ic_fl2

Answer 6

column_data_source = ColumnDataSource(dataframe)

在使用列数据源的Jupyter笔记本中，每行后面我们都必须再次简单地制作它。列数据源似乎不能在同一代码中多次使用。

这似乎有点hack，但当我遇到相同错误时，它对我起了作用。

- Jainil Patel

Answer 7

在创建每个图之后尝试使用。 add_root 将该模型添加为当前文档的根，确保每个模型都添加到单个文档中：

    curdoc().add_root(column([plot]))
    curdoc().title = doc_title //Add a title to the doc
    show(figure)

注意：column（图表列表）可以替换为任何继承Model类的对象。

有关add_root和bokeh文档的更多详细信息，请参阅以下链接：https://docs.bokeh.org/en/latest/docs/reference/document.html?highlight=add_root#bokeh.document.document.Document.add_root

- bono1567

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