最近安装R-3.0.1后出现了"/usr/bin/env: RScript: No such file or directory"错误。

Question

我在安装和使用R时有些迷惑。我从源代码安装了R 3.0.1，并按照建议执行了./configure、make、make check和make install步骤。但是，当我尝试运行R时，它表示R不在/usr/bin文件夹中。因此，我使用cp命令将整个R-3.0.1/bin目录复制到了我的/usr/bin目录中。现在，在尝试使用我从O'Reilly R In a Nutshell书籍中编写的hello_world.R脚本时，我遇到了关于/usr/bin/env的几个错误。我将hello_world.R文件存储在一个文件中，内容如下：

#! /usr/bin/env RScript
print("Hello World!");

简单易懂，但当我尝试加载它时，出现以下错误：

$ ./hello_world.R
/usr/bin/env: RScript: No such file or directory

我不确定这是路径问题还是其他问题，但当我在我的/usr/bin目录中搜索时，我看到那里有RScript文件以及与R编程语言相关的其他文件（R，BATCH等）。非常感谢您的帮助。干杯。

- user2555016

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你使用的是哪个操作系统/发行版？ - Jake Burkhead

你有特别的原因要从源代码安装而不是使用“apt-get install”吗？ - Jake Burkhead

在R中，Sys.which("Rscript")的输出是什么？ - dickoa

应该写成 Rscript，而不是 RScript。 - Vincent Zoonekynd

那就是问题所在了，它使用小写的's'可以工作，书中一定有错别字。谢谢！ - user2555016

Answer 1

你的shebang行中可能使用了无效的Rscript命令行选项。

例如...

#!/usr/bin/env RScript --vanilla

删除“--vanilla”（或其他有问题的选项），然后重新运行您的脚本。

#!/usr/bin/env RScript

我知道你的示例中没有涉及到这个问题，但是这个解决方案可能会帮助到其他遇到相同问题的人。

- Vyke

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确实，这个解决方案帮助了其他人 :) 包括我！ - jkr

Answer 2

再次提到，这个问题的好解决方案非常简单，并且在env的手册中有清晰的解释。脚本应该使用env命令来调用Rscript而不是直接调用Rscript：

#!/usr/bin/env Rscript

some R code now...

但是像这样的脚本将会读取用户的.Rprofile等内容。当我们想要启动一个干净且可控的R环境时，需要使用选项--vanilla来启动原始版本的R。如果您尝试以下操作：

#!/usr/bin/env Rscript --vanilla

some R code now...

env会把字符串Rscript --vanilla作为要执行的命令，并且必然会返回错误消息。

/usr/bin/env: ‘Rscript --vanilla’: No such file or directory

在env的手册页中，有一个名为-S的选项用于拆分字符串。它的作用正是解决上述问题，并使用第一个字符串Rscript作为命令名称，以及后面的字符串（如--vanilla）作为要传递给Rscript的选项。

因此，解决方案如下：

#!/usr/bin/env -S Rscript --vanilla

some R code now...

- David Bellot

Answer 3

在您的脚本的shebang行中加入#!/usr/bin/Rscript，它应该可以工作。

另外，如果您想保持与CRAN的R版本同步，而不是依赖于您的Linux发行版（Ubuntu）的本地R，则请在apt源中添加以下行：

deb http://my_favorite_cran_mirror/bin/linux/ubuntu raring/

之后，您可以始终使用apt系统来安装R，我同意Jake的观点-这应该是安装R的首选方式。

*使用靠近您的有效CRAN镜像替换my_favorite_cran_mirror。

- Costas B.

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如果在/usr/bin中没有安装Rscript，那么你就很遗憾了。例如，在MacOS 10.11“El Capitan”上就会出现这种情况。更便携的解决方案是使用shebang行，例如#!/usr/bin/env Rscript，因为env的位置在Unix系统中更加标准化。是的，除了Linux之外还有类UNIX操作系统... :-) - András Aszódi

我同意，可悲的是还有其他“类Unix操作系统”甚至不允许管理员写入/usr/bin。 - Costas B.

Answer 4

#! /usr/bin/env RScript
print("Hello World!");

虽然很简单，但是当我尝试加载它时，我遇到了以下错误：

$ ./hello_world.R
/usr/bin/env: RScript: No such file or directory

你犯了一个错误，应该写成 Rscript 而不是 RScript。 语法应该是：

#! /usr/bin/env Rscript
print("Hello World!");

然后运行它，它会工作的（y），祝一切顺利。

$./hello_world.R

- Yanish

Answer 5

我在一台集群计算机上遇到了这个问题，我无法控制R安装。我试图理解这个错误信息，通常情况下，当我将makefile中的“Rscript”转换为“/usr/bin/Rscript”时，错误信息不再出现。请注意保留html标签。

- Jeromy Anglim