R脚本找不到函数。

Question

我需要通过bash shell运行多个脚本，使用Rscript和一些我使用的函数需要函数isGeneric。然而，在这种情况下，进程会以这样的方式结束（例如）：

Error in .getLogLik() : could not 
find function "isGeneric"
Calls: main -> dredge -> .getLik -> .getLogLik
Execution halted

以下是复现方法：

# in the bash shell
echo "isGeneric('apply')" > /tmp/test.R
Rscript /tmp/test.R

结果：

Error: could not find function "isGeneric"
Execution halted

但是，如果我们打开一个R会话并输入以下内容，它可以正常工作：

# in the R shell
isGeneric('apply')
[1] FALSE

你知道这个问题来自哪里以及如何解决吗？

- Ludovic Duvaux

Answer 1

根据help(Rscript)，Rscript默认不加载methods包，因为这会耗费时间。所以你需要在命令行上指定它：

Rscript --default-packages=methods file.R

或者在你调用的文件顶部加上 library(methods)。

- Joshua Ulrich

---

谢谢Joshua，现在它完美地工作了。对不起，我没有看到isGeneric和methods包之间的链接。 - Ludovic Duvaux

@LudoDuvaux：别担心。这不是一个显而易见的链接，除非你之前遇到过这个问题。 - Joshua Ulrich

我刚遇到了这个问题：Error: could not find function "is"。连接性甚至更不明显！ - DavidC

根据help(Rscript)的说明，正确的命令应该是：Rscript --default-packages=methods,datasets,utils,grDevices,graphics,stats，这样才能与R具有相同的默认包。如果只包含methods，则会缺少许多其他内容。 - Kem Mason