如何在Google Colab中导入Conda软件包？

Question

我能够在Google Colab上使用pip安装软件包，具体方法如下：

!pip install....

但是我无法从conda-forge安装任何软件包。我尝试了：

!conda install -c conda-forge cartopy

- Guillermo Fairhurst

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如果您只想安装 cartopy，请使用 !apt-get -qq install python-cartopy python3-cartopy。 - swatchai

Answer 1

通常来说，这是一种在Colab中使用conda安装软件包的方法：

!wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh
!bash Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh -bfp /usr/local
# Append path to be able to run packages installed with conda
import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.6/site-packages')
# Install packages from Anaconda
!conda install -y [package]

这适用于像-c pslmodels taxcalc（笔记本电脑）这样的软件包。

然而，cartopy是一个复杂的软件包，在这里创建问题，我认为是因为上述要求旧版本的conda*，它不再兼容cartopy。这是一个Colab笔记本电脑，使用这个版本失败是因为cartopy需要shapefile软件包，而这是其中之一，它使用最新版本的conda，在import时无法被识别。

*例如，这里有taxcalc笔记本的版本，它们安装了最新的安装程序和在安装taxcalc之前运行conda update conda；在任何一种情况下，import taxcalc都无法被识别。请参阅此GitHub问题。

- Max Ghenis

Answer 2

一种获取它的方法是将conda包直接解压到目录中。

1. 从anaconda.org获取所需的conda包，并下载它。

2. 解压并将其复制到库路径中。

以下是使用此方法从anaconda安装faiss的示例。 https://gist.github.com/korakot/d0a49d7280bd3fb856ae6517bfe8da7a

- Abdul Rehman

Answer 3

我使用带有cartopy的解压缩方法。以下是结果。

# get package then extract
!wget https://anaconda.org/conda-forge/cartopy/0.16.0/download/linux-64/cartopy-0.16.0-py36h81b52dc_2.tar.bz2
!tar xvjf cartopy-0.16.0-py36h81b52dc_2.tar.bz2
!cp -r lib/python3.6/site-packages/* /usr/local/lib/python3.6/dist-packages/
# install dependencies
!pip install shapely pyshp
!apt install libproj-dev libgeos-dev
# finally
import cartopy

- korakot

Answer 4

另一个选项（我没有尝试过）是连接到自定义运行时（Jupyter术语中的内核）。 https://research.google.com/colaboratory/local-runtimes.html

工作流程如下：

• 创建一个conda环境，包括所需的内容和jupyter_http_over_ws
• 在您的计算机上启动笔记本电脑，并按照说明连接Colab

这可能不是您要寻找的内容，因为它需要本地安装（因此不再是零安装）。

- pelson