在Docker镜像中安装R

Question

在Docker镜像中安装R

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我该如何在我的docker镜像中安装R版本3.4.0。我已经安装了Python：

RUN yum -y install https://centos6.iuscommunity.org/ius-release.rpm \
  && yum -y install python36u \
  && yum -y install python36u-devel \
  && yum -y install python36u-pip \
  && yum -y install python36u-tkinter.x86_64

同样地，我需要安装R：

到目前为止，我已经在文件中指定了以下关于R的内容：

ENV R_BASE_VERSION 3.4.0
RUN Rscript -e 'install.packages("devtools",dependencies=TRUE)' \
    &&Rscript -e 'install.packages("methods",dependencies=TRUE)' \
    &&Rscript -e 'install.packages("jsonlite",dependencies=TRUE)' \

请建议，我是docker的新手。

我认为我需要像下面这样做：

ENV R_BASE_VERSION 3.4.1

## Now install R and littler, and create a link for littler in /usr/local/bin
## Also set a default CRAN repo, and make sure littler knows about it too
RUN apt-get update \
    && apt-get install -t unstable -y --no-install-recommends \
        littler \
                r-cran-littler \
        r-base=${R_BASE_VERSION}* \
        r-base-dev=${R_BASE_VERSION}* \
        r-recommended=${R_BASE_VERSION}* \
        && echo 'options(repos = c(CRAN = "https://cran.rstudio.com/"), download.file.method = "libcurl")' >> /etc/R/Rprofile.site \
        && echo 'source("/etc/R/Rprofile.site")' >> /etc/littler.r \
    && ln -s /usr/share/doc/littler/examples/install.r /usr/local/bin/install.r \
    && ln -s /usr/share/doc/littler/examples/install2.r /usr/local/bin/install2.r \
    && ln -s /usr/share/doc/littler/examples/installGithub.r /usr/local/bin/installGithub.r \
    && ln -s /usr/share/doc/littler/examples/testInstalled.r /usr/local/bin/testInstalled.r \
    && install.r docopt \
    && rm -rf /tmp/downloaded_packages/ /tmp/*.rds \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

但是我不知道这个“litter”是什么意思。我只需要安装R，然后按照我上面指定的方法安装所需的包。

编辑：我的Docker文件中第一行安装了node4。

- Ashag

你能指定你使用的基础镜像吗？ - dsax7

这是我的自有存储库（基础镜像安装了Node.js）。如果您能告诉我如何安装R，那就太好了。 - Ashag

3个回答

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如果你的公共基础镜像（自己镜像的基础镜像）确实是node:4，那么它不是基于yum而是基于apt-get来管理软件包。

因此，你应该按照以下方式安装R：

RUN apt-get update && apt-get install -y r-base

- Alexandre Fenyo

好的，那么 Docker 文件会是什么样子：FROM nodejs（第一行）; RUN apt-get update && apt-get install -y r-base（第二行）; ENV R_BASE_VERSION 3.4.0 RUN Rscript -e 'install.packages("devtools",dependencies=TRUE)'
&&Rscript -e 'install.packages("methods",dependencies=TRUE)'
&&Rscript -e 'install.packages("jsonlite",dependencies=TRUE)' \。请检查。 - Ashag

它会看起来像上面那样吗？环境变量的东西会出现吗？ - Ashag

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正是我所需要的。我的基础镜像是Python3.6，需要安装r2py所需的r-base。 - azhar22k

0

你应该使用一些 R 语言的图像，比如

https://hub.docker.com/_/r-base/

或者列表中的其他图像

https://hub.docker.com/search/?isAutomated=0&isOfficial=0&page=1&pullCount=0&q=R&starCount=0

- user2915097

由于某些原因，我需要安装。你能指导我如何安装吗？因为我已经使用了FROM node进行节点安装，而且我认为在dockerfile中不能使用多个from，所以请告诉我如何像安装python一样安装R。 - Ashag

你的基础镜像是什么（DockerFile 的第一行）？因为安装 R 取决于基础镜像。如果不知道你的基础镜像，没有人能给你答案。 - Alexandre Fenyo

@AlexandreFenyo。这是我的自有存储库（基础镜像安装了Node.js）。如果您能告诉我如何安装R，那就太好了。 - Ashag

@AlexandreFenyo；第一行安装了node4：latest。 - Ashag

非常感谢您提供这个无用的答案。我正在构建一个已经有 from other:image 的镜像，我需要在其中添加 R。 - Ufos

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可以查看英文原文，
原文链接

- Alexandre Fenyo · Accepted Answer

这里有两个DockerFile，用于安装Python、R和NodeJS。

第一个DockerFile用于安装Python 3.4.2、R 3.1.1和NodeJS 4.8.4：

From node:4
RUN apt-get update && apt-get remove -y python && apt-get install -y python3 r-base
RUN cp /usr/bin/python3 /usr/bin/python

这个命令安装了Python 3.5.3, R 3.4.1和Node.js 4.8.4：

From r-base:3.4.1
RUN apt-get update && apt-get install -y python3 nodejs
RUN cp /usr/bin/python3 /usr/bin/python

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