我一直在开发一款perl程序，用于处理大量的dna数据。它能输出我需要的内容，但是执行速度比我预期的要慢得多。使用NYTprof分析后，我发现问题主要出在将值相加的循环中。使用inline::C来进行计算能够加速程序吗？或者我应该接受这种速度并继续前进呢？还有其他方法可以提高速度吗？您可以在这里找到我的程序和一个输入文件，以及一个已经填好默认值的可执行文件。
2个回答
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在这里（包括这里）很难得到有用的帮助。我看到你的代码存在各种问题，但与语言选择无关。
使用CPAN。如果你正在解析genbank，则使用一些适当的模块。
你正在使用Perl编写汇编代码，但Perl和你都不太擅长。当你不将参数传递给子程序，而是依靠全局变量时，很难知道发生了什么。
@X1，@ X2，@Y1，@ Y2是什么意思？以下内容可能是你的问题：
until ($ender - $starter > $tlength) {（第153行）。根据你的测试案例，它们最初分别为103、1和200，不清楚何时或是否会更改。根据@te中的内容，它可能永远不会跳出循环；从你的代码中我无法判断。如果我们知道
add的参数、输入输出不变量以及返回值，将有所帮助。
就这些了。
- Pedro Silva
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1这非常有帮助。我将它从五分钟缩短到了三秒钟。非常感谢你。 - Orion
1很高兴我能有所帮助！ - Pedro Silva
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如果适用的话，我赞同在评论中提到的使用PDL。或者使用针对您问题量身定制的CPAN模块（同样，如果适用）。
我在那段代码中没有看到任何一些明确表示“将我的值相加的循环”；请只展示您正在考虑优化的代码，并最好有足够的结构使其能够运行。
回答您的通用问题，是的，如果您确定性能问题仅限于它实际能为您做的事情，Inline::C可以成为优化的有力工具。在使用它时，请注意从Perl调用您的C代码或反过来调用都是比较昂贵的，因此您必须翻译足够多的代码以将转换次数最小化。
- ysth
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inline::C了吗？它有效吗？ - Mat