R Markdown/knitr中如何简单地生成缩略图？

Question

我正在使用R Markdown与R Studio中的knitr来创建和更新一个简单项目网站，以便让我的同事了解我正在构建的数据分析模型。页面上有一些图表，对于较小的图表来说，这种方式效果很好，他们可以在同一位置看到代码和结果。

然而，一些图表已经变得非常大（必须保持大以允许快速并排比较模型），不太适合放在页面上。我已经为其中一些使用了单独上传的pdf文件（页面上有链接）。如果能够简单地生成某些图表的缩略图，那么用户就可以查看小的图表图像，单击它，然后详细查看更大的图像。但是，如果每个情况都需要手动编写脚本，我宁愿不要浪费时间，只需上传几个pdf文件即可。类似的问题在这里here，讨论了包knitrbootsrap，但我不想对所有图表进行缩略图处理，只选取其中的一些。该包似乎使用了Magnific popup，但将其自己集成到Markdown页面中似乎有点麻烦。在R Markdown参考guide中我没有找到任何信息。当然，一种方法是生成两个图表，一个微小的图表，显示它，并链接到另一个上传单独的较大的图表图像/PDF——但更简单、更自动化的方式更好。

因此，问题是：是否有更简单的方法在R Markdown中生成可点击的图表缩略图？

- user3554004

Answer 1

所以，这就是我想出来的。添加情节钩子，以便在生成块中的小图像之前生成全分辨率pdf图像：

allow_thumbnails <- function(x, options) {
  if (!is.null(options$thumb)) {
    filename <- sprintf("%s.full.pdf", strsplit(basename(x), "\\.")[[1]][1])
    absolute_path <- file.path(dirname(x), filename)

    # generate the full resolution pdf
    pdf(absolute_path, width = options$thumb$width, height = options$thumb$height)
      eval(parse(text = options$code))
    dev.off()

    # add an html link to the low resolution png
    options$fig.link = absolute_path
  }

  knitr:::hook_plot_md_base(x, options)
}

然后在 Rmd 文件中，我使用 thumb 参数定义完整分辨率图像的大小：

```{r init} 
    knit_hooks$set(plot = allow_thumbnails)
```

```{r my_large_plot, fig.width = 15, fig.height = 15, thumb = list(width = 45, height = 45)}
    my_large_plot()
```

这将生成一个带有可点击PNG图像的HTML文件，点击后可以跳转到PDF文件。

- nachocab