CRAN R包如何建议使用GitHub R包

Question

CRAN R包如何建议使用GitHub R包

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我希望在我的R包中使用在GitHub上可用的R包BOLTSSIRR，并将其上传至CRAN。

我在DESCRIPTION文件中将BOLTSSIRR列在Suggests:下，并使用Additional_repositories：https://github.com/daviddaigithub/BOLTSSIRR提供了到GitHub的链接。

然而，运行R CMD check --as-cran后，我收到以下提示：

Suggests or Enhances not in mainstream repositories:
  BOLTSSIRR
Availability using Additional_repositories specification:
  BOLTSSIRR   no   ?                                          
  ?            ?   https://github.com/daviddaigithub/BOLTSSIRR
Additional repositories with no packages:
  https://github.com/daviddaigithub/BOLTSSIRR

所以在检查中，GitHub链接似乎没有被识别。我需要在这里更改什么吗？

- user3298179

这个问题已经在这里得到了回答：https://dev59.com/_V0a5IYBdhLWcg3wTHBt - Wiktor Gustafsson

这个回答解决了你的问题吗？创建一个依赖于位于GitHub上的另一个R包的R包 - Oliver

@WiktorGustafsson @Oliver 谢谢。不幸的是，这似乎还没有回答我的问题。在检查中，Remotes:字段似乎无法被识别。我得到了以下警告： “* 检查 CRAN 入站可行性... 警告在 DESCRIPTION 中存在未知、可能拼写错误的字段: 'Remotes'强依赖项不在主流存储库中: BOLTSSIRR”。请注意，在另一个问题的情况下，两个包都在 GitHub 上，而我的包需要上传到 CRAN。 - user3298179

2个回答

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回答一下，因为我不能评论。@user2554330的答案是正确的，并且将修复附加包不可用的问题。然而，你可能仍然会收到以下注意事项：

包建议但无法检查：<yourpackage>

你应该能够解释这是由于drat托管的库导致的，但该包在检查中的vignettes/examples中将不可用。这个注意事项在CRAN政策中仍然适用：

如果一个包在"Suggests"或"Enhances"中列出，如果它不能在主要的R平台上直接安装，那么在示例或测试中应该有条件地使用它。（"编写R扩展"建议始终有条件地使用它们。）

在我的提交中，由于无法找到在drat仓库中列出的包，我在示例中遇到了错误。解决这个问题的一种方法是在roxygen注释中使用@examplesIf requireNamespace("yourpackage", quietly = TRUE)而不是@examples，或者在vignettes中有条件地运行一些内容。

if (requireNamespace("yourpackage", quietly = TRUE)) {
  result = yourpackage::function()
  # ...
}

- clabornd

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- user2554330 · Accepted Answer

正如你所发现的，你不能在CRAN包中使用Remotes。您需要做的是确保您所依赖的软件包的.tar.gz文件在某个地方可用。Github不会自动完成此操作，因为https://github.com/daviddaigithub/BOLTSSIRR没有设置为软件包存储库。

解决方法是创建自己的小型存储库，并在那里保存非CRAN包的副本。只要您拥有Github帐户，drat包（在此处可用：https://github.com/eddelbuettel/drat）可以轻松实现此操作：请按照此处的说明操作：https://github.com/drat-base/drat。简而言之：

将https://github.com/drat-base/dratfork到您的帐户中，并将其克隆到自己的电脑上。
在主分支中的docs/文件夹中启用Github Pages。
使用remotes::install_github("eddelbuettel/drat")在R中安装drat包。（我假设此版本最终会到达CRAN；如果您使用当前的CRAN版本，说明会稍微复杂一些。）
构建要插入的软件包。您需要源代码版本；如果用户难以构建，则可能还需要二进制文件。
运行options(dratBranch="docs"); drat::insertPackage(...)将这些文件插入您的存储库中。
提交更改并将其推送到Github。
在需要使用此非CRAN包的软件包中，将
Additional_repositories: https://yourname.github.io/drat
添加到DESCRIPTION文件中。

您需要负责更新您的存储库，如果BOLTSSIRR进行了更新。这很好，因为更新可能会破坏您的软件包：毕竟，它仍处于开发模式。但不好的是，您的用户不会自动获得错误修复。

就是这样，如果我没有漏掉什么！