使用Perl表达式批量重命名文件

Question

这应该是很多人的基本问题，但我是一名没有编程背景的生物学家，请原谅我的问题。

我想做的是将约100,000个已经存在代码名称的gzipped数据文件重命名（例如：XG453834.fasta.gz）。我想将它们命名为我可以轻松阅读和解析的内容（例如：Xanthomonas_galactus_str_453.fasta.gz）。

我尝试使用sed、rename和mmv，但都没有成功。如果我在一个单独的脚本上使用任何一个这些命令，那么它们就可以正常工作，只有当我尝试将变量合并到shell脚本中时才会遇到问题。我没有收到任何错误信息，只是没有更改任何名称，所以我认为这是一个I/O错误。

以下是我的文件样式：

#! /bin/bash
# change a bunch of file names
file=names.txt

while IFS=' '  read -r r1 r2;
do
    mmv ''$r1'.fasta.gz' ''$r2'.fasta.gz'
    # or I tried many versions of: sed -i 's/"$r1"/"$r2"/' *.gz
    # and I tried many versions of: rename -i 's/$r1/$r2/' *.gz

done < "$file"

这是我的文本文件的第一行，并使用单空格分隔符：

    cat names.txt

   #find #replace 
   code1 name1
   code2 name2
   code3 name3

我知道我可以用Python或Perl来完成这个任务，但是因为我现在只能在这个Bash脚本上工作，所以我希望找到一个简单的解决方法来修复它，并弄清楚我的错误在哪里。非常感谢任何可能提供的帮助。

此外，我尝试使用cat命令读取names文件（请参见下面Ashoka Lella的评论），然后使用awk命令移动/重命名一些文件的变量名称（始终以“code”开头），因此我正在寻找替换选项，只需将“code”替换为“name”并保留文件名结构。

我怀疑我没有在perl表达式的单引号中转义变量，但我已经阅读了很多手册，也找不到解决方法。

- Josh Herr

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所有的答案都适用于您提供的示例。如果您的文件名在现实中更复杂（即它们包含空格/特殊字符），那么您应该编辑您的问题以显示更好地代表情况的一些示例。如果您需要更复杂的逻辑（条件重命名、模式匹配等），那么您应该清楚地表明，在问题中展示所需行为的一些示例。 - Tom Fenech

谢谢你的帮助，汤姆，我非常感激。看起来我的大部分问题都与不符合规范的“代码”有关，当这些代码随机分布在几千个数据文件中时，使得答案不太直接。我可能会尝试用Python脚本解决这个问题，但我希望有更简单的方法。再次感谢你帮助我学习更好的解决方法！ - Josh Herr

Answer 1

如果您绝对确定文件名不包含空格或制表符，则可以尝试以下操作。

xargs -n2 < names.txt echo mv

这是DRY运行（仅打印执行步骤）的操作——如果您对结果满意，请删除echo ...。

如果您想要检查目标是否存在，请使用：

xargs -n2 < names.txt echo mv -i

如果你想永远不允许覆盖目标，请使用以下方法：

xargs -n2 < names.txt echo mv -n

如果您满意，可以再次删除echo。

- clt60

Answer 2

我认为你不需要使用 mmv，一个简单的 mv 就可以了。并且，没有必要指定 IFS，默认值就适用于你：

while read -r src dest; do mv "$src" "$dest"; done < names.txt

我已经将变量名用双引号括起来，这通常被认为是良好的实践，但在这种情况下，任何一个文件名中含有空格都会导致 read 命令不能按预期工作。

你可以在循环内部的 mv 前面加上 echo 来确保正确的命令将被执行。

请注意，在你的文件 names.txt 中，.fasta.gz 后缀已经包含在内，因此你不应该在循环内再次添加它。也许这就是你的问题所在？

- Tom Fenech

Answer 3

这将重命名names.txt中列1的所有文件为列2。前提是它们与names.txt在同一个文件夹中。

cat names.txt| awk '{print "mv "$1" "$2}'|sh

- Ashoka Lella

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感谢您的回复！我已经尝试过这个方法了（可能上面表述不够清楚，我会修改），这个方法可以处理大约一半的数据文件名，但是有些文件名是带有变量名的，并且以代码命名开头，因此我正在寻找更多的查找和替换（而不是重命名）功能。看起来我应该翻阅一下 Python 书籍——这对我来说是一个很好的练习。再次感谢！ - Josh Herr