将用户参数传递给DESeq2函数

Question

我正在尝试在RScript中使用从命令行输入的参数运行DESeq。我使用optparse解析用户参数，并尝试将设计参数传递到DESeqDataSetFromMatrix()函数中。

我直接测试了该函数，它完美地工作：

DESeq_tbl <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=counts_tbl,
colData=coldata, design=~taxonomy)

然而，如果我尝试传递变量opt$design（它是一个字符串 =“〜taxonomy”），我会得到以下错误：

DESeq_tbl <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=counts_tbl,
colData=coldata, design=opt$design)

错误：$ 运算符对于原子向量无效 执行已停止

我尝试了 noquote()，各种组合的cat/paste和创建整个命令作为字符串传递给DESeqDataSetFromMatrix()函数，但都没有成功。任何建议将不胜感激。

解决方案

感谢Ben Bolker下面的答案，以下内容可行：

DESeq_tbl <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=counts_tbl,
colData=coldata, design=as.formula(opt$design))

- SummerEla

Answer 1

我认为你需要使用as.formula(opt$design)。

x <- "~taxonomy"
f <- ~taxonomy
str(f)
## Class 'formula'  language ~taxonomy
## ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEnv>
identical(f,as.formula(x)) ## TRUE

- Ben Bolker

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非常感谢！我之前从来没听说过这个方法，你真是救了我的周末 :) - SummerEla

我不知道波浪号（）需要成为公式的一部分。我使用了```as.formula("taxonomy")```。 - Muslimbek Abduganiev