如何在R中对矩阵进行排序后保持其类别

Question

可能是重复问题：
R和只有一行的矩阵

我有数百个矩阵，在for循环中对它们进行一些改变，包括排序。问题在于只有一行的矩阵。所以当我对它们进行排序时，它们的类会从矩阵变成字符，如下所示：

> test1
 Gene ID  Gene Name Score(d) Fold Change q-value(%)
[1,] "g17035" "17035"   "-29.1"  "0.877"     "303.826" 
> class(test1)
[1] "matrix"

当应用排序时，它会变成字符类：

test1 <- test1[order(test1[, 5]), ]

> test1
Gene ID   Gene Name    Score(d) Fold Change  q-value(%) 
"g17035"     "17035"     "-29.1"     "0.877"   "303.826" 
> class(test1)
[1] "character"

我甚至使用了as.matrix，但它改变了矩阵的顺序：

test1 <- as.matrix(test1[order(test1[, 5]), ])

然后它会变成这样：

> test1
    [,1]     
Gene ID     "g17035" 
Gene Name   "17035"  
Score(d)    "-29.1"  
Fold Change "0.877"  
q-value(%)  "303.826"

我应该如何修复它？ 提前感谢您。

- hora

Answer 1

你需要做的是不要减少子集的维度，可以使用[后面的drop参数来实现。更多信息请参考?"["。

# Demo matrix
> a <- matrix(1:9, 3, 3)
> a
     [,1] [,2] [,3]
[1,]    1    4    7
[2,]    2    5    8
[3,]    3    6    9

# With reduction
> a[1,]
[1] 1 4 7
> class(a[1,])
[1] "integer"

# Without reduction
> a[1,,drop=FALSE]
     [,1] [,2] [,3]
[1,]    1    4    7
> class(a[1,,drop=FALSE])
[1] "matrix"

- Backlin

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是的，但问题在于如果我在代码的下一行不使用as.matrix，例如当我想要获取test1的第四列时，我会得到越界的下标。我该如何解决这个问题？ - hora

如果您不使用 drop=FALSE，则 test1 将被转换为向量。当您稍后执行 test1[,4] 时，您正在尝试获取向量的列，这是不可能的，因为向量没有任何列。test1 <- test1[order(test1[, 5]),,drop=FALSE]（不使用 as.matrix）应该将其保留为具有1行和5列的矩阵，并允许您稍后无问题地提取第4列。 - Backlin

不客气！我曾经也卡在这里很长一段时间。意识到 [, <-, + 等实际上是普通函数，虽然具有常规语法，而且 ?"[" 和 ?"<-" 为它们提供了良好的文档，这对我帮助很大。 - Backlin

我可以再问一个问题吗？在您的更正下，当我逐行运行程序时，我不再遇到下标越界的错误。但是，当我在函数内运行这些行时，仍然会出现此错误。是否有任何自动转换在函数内执行了此操作？ - hora

这对我来说似乎很奇怪。在函数内部运行命令或手动运行命令之间不应该有任何区别。尝试通过设置 options(error=browser) 来调试函数，运行函数以引发错误并确认 test1 是否实际上是它应该的东西。 - Backlin

哦，是的，我找到了，谢谢！ - hora