使用effects包创建自定义绘图

Question

我尝试自定义effects包中的多行图表。

有没有办法将下面示例中的图例位置放在绘图区域内而不是上方？

或者：有谁知道如何使用ggplot2绘制由effects包计算的多行回归结果？

感激任何帮助。

安迪

示例：

library(effects)
data(Prestige)
mod5 <- lm(prestige ~ income*type + education, data=Prestige)
eff_cf <- effect("income*type", mod5)
print(plot(eff_cf, multiline=TRUE))

- Andy

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你能展示一些样本数据吗，就像你在effects包中所做的那样。 - Jd Baba

谢谢您的回复，我已经更新了我的问题并附上了一个例子。 - Andy

Answer 1

根据Ruben的回答，你可以尝试以下操作:

library(sjPlot)
sjp.int(mod5, type = "eff", swapPredictors = T)

这将使用ggplot复制图表，sjp.int还返回图表对象以进行进一步的定制。但是，您也可以使用sjPlot软件包设置某些图例参数：

sjp.setTheme(legend.pos = "bottom right", 
             legend.inside = T)
sjp.int(mod5, type = "eff", swapPredictors = T)

以下是给你的绘图：

请参考sjPlot手册，了解如何自定义绘图外观和图例位置/大小等。

如需绘制模型估计的森林图或所有模型项的边际效应，请参见sjPlot包中的?sjp.lm，或者您可以尝试使用我在GitHub上最新的功能。

- Daniel

Answer 2

这是在ggplot中绘制效果对象的方法。

library(ggplot2)

## Change effect object to dataframe
eff_df <- data.frame(eff_cf)

## Plot ggplot with legend on the bottom
ggplot(eff_df)+geom_line(aes(income,fit,linetype=type))+theme_bw()+
  xlab("Income")+ylab("Prestige")+coord_cartesian(xlim=c(0,25000),ylim=c(30,110))+
  theme(legend.position="bottom")

你可以根据你想要展示数据的方式来更改 xlim 和 ylim。

输出如下：

- Jd Baba

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这里只有一个额外的问题 - 您如何最优雅地添加95％置信限或95％预测带，比如使用实线和虚线显示三个组的不同颜色，并且也许还要以不同的颜色显示实际数据点？在效果包中没有选项可以显示实际数据点吗？ - Tom Wenseleers

Answer 3

从?xyplot中，您可以读取：

或者，通过指定组件x、y和角落，可以将关键字放置在绘图区域内。其中x和y决定由corner给出的关键字角落的位置，该角落通常是c(0,0)、c(1,0)、c(1,1)和c(0,1)之一，它们表示单位正方形的四个角。

从?plot.eff中，您可以读取：

key.args：传递给xyplot或densityplot的关键trellis参数的附加参数，例如将关键字（图例）定位于绘图区域。

因此，例如，您可以执行以下操作：

plot(eff_cf, multiline=TRUE,    
     key.args=list(x=0.2,y=0.9,corner=c(x=1, y=1)))

- agstudy

Answer 4

@Tom Wenseleers

您可以使用sjPlot::sjp.int，并将type='eff'用于此功能。

但是，它不会提供条形图和原始数据点。

mod5 <- lm(prestige ~ type * income + education, data=Prestige)
library(sjPlot)
sjp.int(mod5,showCI = T, type = 'eff')

函数effect()有一个参数partial.residuals = T，可以得到拟合值、部分残差和调整后的部分残差。我想你可以将这些数据与原始数据集合并，然后按组绘制平滑曲线，但早期遇到了一些困难（例如na.action=na.exclude不被尊重）。

- Ruben