如何在R中编写summarySE函数

Question

我是一个新的R语言用户，想要使用ggplot绘制带有std数据的折线图。为此，我使用了summarySE函数。

vrn1_summary<-summarySE(data,measurevar = "vrn1",groupvars = c("genotype","treatment","time"))

由于我无法自己编写函数，所以我从 R Cookbook 中复制了以下代码:

summarySE <- function(data=NULL, measurevar, groupvars=NULL, na.rm=FALSE,
                      conf.interval=.95, .drop=TRUE) {
    library(plyr)

    # New version of length which can handle NA's: if na.rm==T, don't count them
    length2 <- function (x, na.rm=FALSE) {
        if (na.rm) sum(!is.na(x))
        else       length(x)
    }

    # This does the summary. For each group's data frame, return a vector with
    # N, mean, and sd
    datac <- ddply(data, groupvars, .drop=.drop,
      .fun = function(xx, col) {
        c(N    = length2(xx[[col]], na.rm=na.rm),
          mean = mean   (xx[[col]], na.rm=na.rm),
          sd   = sd     (xx[[col]], na.rm=na.rm)
        )
      },
      measurevar
    )

    # Rename the "mean" column    
    datac <- rename(datac, c("mean" = measurevar))

    datac$se <- datac$sd / sqrt(datac$N)  # Calculate standard error of the mean

    # Confidence interval multiplier for standard error
    # Calculate t-statistic for confidence interval: 
    # e.g., if conf.interval is .95, use .975 (above/below), and use df=N-1
    ciMult <- qt(conf.interval/2 + .5, datac$N-1)
    datac$ci <- datac$se * ciMult

    return(datac)
}

当我调用这个函数时，它会给出标准差（sd），标准误差（se）和置信区间（ci），但对于平均数（在我的数据中是"vrn1"），则显示NA，同时还显示警告信息。据我所了解，这可能是summarySE函数的问题，但我无法找出原因或位置。

有没有人可以帮我解决这个问题或指导我如何编写一个简单的summarySE函数？

- ashar14

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请将这些警告添加到您的问题中。据我所知，来自食谱的函数是正确的选择，只是它不能与您的数据一起使用，对吗？ - Pafnucy

你的 vrn1 中是否有任何值为 NA 的数？na.rm 可能是你的问题，尽管我不确定为什么它只会影响平均值而不是标准差。 - iacobus

我的数据中没有NA。 - ashar14

是的，我认为它只是在我的数据上不起作用。我还确认了vrn1的类别。第一次它是因子，但后来我改成了数字，但问题仍然存在。 - ashar14

我最近重写了那个函数，使用了data.table而不是plyr，你可能想试一下：https://gist.githubusercontent.com/hauselin/63366a2b60c4445648c559a8682204d2/raw/5e5489b537886eaeecaea7c307f8e2eabfa82fb1/summarySE2 - hsl

Answer 1

请使用以下代码检查您的数据：

str(data)

我猜你的 measurevar vrn1 是一个 chr。

- Jellz