我是一个新的R语言用户,想要使用ggplot
绘制带有std
数据的折线图。为此,我使用了summarySE
函数。
vrn1_summary<-summarySE(data,measurevar = "vrn1",groupvars = c("genotype","treatment","time"))
由于我无法自己编写函数,所以我从 R Cookbook 中复制了以下代码:
summarySE <- function(data=NULL, measurevar, groupvars=NULL, na.rm=FALSE,
conf.interval=.95, .drop=TRUE) {
library(plyr)
# New version of length which can handle NA's: if na.rm==T, don't count them
length2 <- function (x, na.rm=FALSE) {
if (na.rm) sum(!is.na(x))
else length(x)
}
# This does the summary. For each group's data frame, return a vector with
# N, mean, and sd
datac <- ddply(data, groupvars, .drop=.drop,
.fun = function(xx, col) {
c(N = length2(xx[[col]], na.rm=na.rm),
mean = mean (xx[[col]], na.rm=na.rm),
sd = sd (xx[[col]], na.rm=na.rm)
)
},
measurevar
)
# Rename the "mean" column
datac <- rename(datac, c("mean" = measurevar))
datac$se <- datac$sd / sqrt(datac$N) # Calculate standard error of the mean
# Confidence interval multiplier for standard error
# Calculate t-statistic for confidence interval:
# e.g., if conf.interval is .95, use .975 (above/below), and use df=N-1
ciMult <- qt(conf.interval/2 + .5, datac$N-1)
datac$ci <- datac$se * ciMult
return(datac)
}
当我调用这个函数时,它会给出标准差(
sd
),标准误差(se
)和置信区间(ci
),但对于平均数(在我的数据中是"vrn1"),则显示NA
,同时还显示警告信息。据我所了解,这可能是summarySE
函数的问题,但我无法找出原因或位置。有没有人可以帮我解决这个问题或指导我如何编写一个简单的
summarySE
函数?
vrn1
中是否有任何值为NA
的数?na.rm
可能是你的问题,尽管我不确定为什么它只会影响平均值而不是标准差。 - iacobus