使用Cython制作的.so文件导入时出现ImportError: ...未定义的符号

Question

我已经将一部分代码进行了Cython优化，我知道它在我的常用机器上能够正常工作。

然而，当我将其转移到另一台机器并在其上运行时，它无法正常工作。我的机器正在运行Ubuntu操作系统，而另一台机器是在Docker中运行的Ubuntu操作系统。

错误信息如下：

    from myFile import myFunction
ImportError: /myFile.so: undefined symbol: PyFPE_jbuf

Docker环境已设置为与我的本地机器完全相同的依赖项，因此我无法理解为什么会发生这种情况！

- tombird

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你的机器和Docker系统上使用的是相同版本的Ubuntu吗？Python版本也一样吗？ - Pierre de Buyl

是的，使用16.04版本的Ubuntu操作系统，64位架构，并且Python版本为3.5.2。在同一份需求清单上使用pip install -r requirements.txt命令进行安装。 - tombird

Answer 1

这个错误与几个科学Python项目有关 https://github.com/scikit-learn/scikit-learn/issues/7542 https://github.com/automl/auto-sklearn/issues/101，显然与NumPy、Cython或不同的C++编译器的多次安装有关。

现在，您应该确保两侧环境都是干净的：没有~/.local中的软件包，没有PYTHONPATH环境变量设置，只有系统Python和系统编译器。然后，提供完整的回溯信息而不是一个错误。

- Pierre de Buyl

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~/.local 目录下有一些 Python 2.7 的 scipy 包。但是在我删除它们之后，代码仍然可以在我的普通机器上运行。两台机器都没有设置 PYTHONPATH 作为环境变量。我使用虚拟环境来避免这些问题。 - tombird

@tombird，你有找到解决方案吗？ - ImPurshu