Python 遍历字符

Question

我一直在尝试在ACGT基因组中搜索序列的中位数字符串。 我遇到的问题是需要从AAAAAAAA到AAAAAAAC等，直到我尝试了每种可能的组合为止。

我基本上采用暴力方法，创建两个列表，一个包含A、C、G、T，另一个包含8个字符的序列，在每次搜索后迭代和交换字符。 问题是，当两个同时迭代时，它会跳过一个字母，导致我没有测试所有的组合。

有没有什么简单的方法可以轻松地从AAAAAAAA到AAAAAAAC，然后到AAAAAAAG，AAAAAAAT，AAAAAACA等？

- Andrew Severs

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查看itertools及其组合生成器，product()，permutations()，combinations()等。在这种情况下，你主要会对product()感兴趣--请参见@jamylak的使用示例。 - Levon

请参阅itertools.combinations。 - Joran Beasley

Answer 1

使用itertools模块

itertools.product("ACGT", repeat=8)

- jamylak

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@Tauquir，你不是唯一一个迟到的人.. :) 我也给你点赞。 - Levon

Answer 2

如上所建议，使用itertools。

itertools.product("ACGT", repeat=8) # will work in your case.

- Tauquir

Answer 3

使用pyparsing wiki示例页面中的正则表达式反转器，反转此正则表达式：[ACGT]{8}。您还可以尝试UtilityMill上的在线反转器，但是该服务器在生成8个字符的字符串时会超时，但我已成功地在允许的时间内获得了6个字符。

- PaulMcG