RMarkdown：如何将参数传递给在R中定义为变量的bash代码块？

Question

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我想在bash块中使用在R环境中定义的变量作为参数。有没有办法实现这一点？

例如，在下面的示例中，我想使用R来定义脚本的路径并将其作为参数传递给bash：

```{r}
path_to_script <- glue("{here::here()}/bash_scripts/script.sh")
\```

```{bash}
bash  **path_to_script**
\```

- Oleg

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嗯，我不懂R语言，但它似乎有用于shell的转义函数，你肯定需要使用：https://rdrr.io/r/base/shQuote.html - Fravadona

Answer 1

我认为knitr的bash引擎不会进行任何替换，但您应该能够编写到环境变量，并从bash中使用它。例如，

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title: "Untitled"
date: "09/12/2021"
output: html_document
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```{r}
msg <- shQuote("This is a message from R.")
Sys.setenv(R_MESSAGE = msg)
```

```{bash}
echo $R_MESSAGE
```

它会产生以下输出：

在阅读@Fravadona的评论后，我添加了shQuote()调用：这绝对是一个非常好的想法，因为你构造的路径可能包含空格或其他特殊字符。

- user2554330

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不需要使用 shQuote，只要在双引号内展开环境变量即可：echo "$R_MESSAGE"。 - Fravadona

@Fravadona，我在考虑Oleg的例子，环境变量中的文本可能包含bash视为特殊字符的字符。 bash "$R_MESSAGE"会忽略它们还是对它们进行操作？ - user2554330

这取决于 $R_MESSAGE 何时被扩展：如果是在调用 bash 之前，那么你需要使用 shQuote。如果是由 bash 扩展的，那么双引号就足够了。 - Fravadona

Answer 2

感谢@user2554330的建议。实际上，它似乎按照我在问题中解释的方式工作。然而，这里提出了一个更简单的解决方案。即，不使用bash块，而是创建一个包含完整命令的字符串，并将其传递给R中的system()函数。在这种情况下，我可以在同一环境中完成所有操作。

```{r}
path_to_script <- glue("{here::here()}/bash_scripts/script.sh")
arg1 <- "something"
full_command <- glue("bash {path_to_script} {arg1}")
system(full_command)
```

- Oleg

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是的，那样做会更好，但不要跳过使用 shQuote() 进行引用。如果 here::here() 返回包含特殊字符的内容（例如，在 Windows 上空格很常见），它将无法正确执行。 - user2554330