将对象实例附加到列表中只能通过耗时的深拷贝完成，我该如何改变这种情况？

Question

我有一个来自pymzml包的pymzml.run.Reader类。这是一个生成器对象，循环遍历它时会产生Spectrum类的实例（也来自pymzml包）。我正在将不同的实例进行比较。由于pymzml.run.Reader是一个生成器对象，在循环遍历之后它们就不能再使用了，因此我将它们保存在列表中以便以后进行比较。

然而，当我将它们保存在列表中，然后循环遍历该列表并打印出光谱的ID时，它只显示了最后一个光谱。为了澄清这一点：

import pymzml

def test(msrun):
    for spectrum in msrun:
        print spectrum['id']            
        spectrumList.append(spectrum)
    print '-'*20
    for i in spectrumList:
        print i['id']

msrun = pymzml.run.Reader(r'JG_Ti02-C1-1_C2-01A_file1.aligned.mzML')

提供：

1
2
3
4
5
--------------------
5
5 
5 
5
5

pymzml有一个deRef()函数，可以创建光谱的深度拷贝，因此以下代码可以正确执行：

import pymzml

def test(msrun):
    for spectrum in msrun: 
        print spectrum['id']
        spectrumList.append(spectrum.deRef())

msrun = pymzml.run.Reader(r'JG_Ti02-C1-1_C2-01A_file1.aligned.mzML') 

然而，制作深拷贝是我试图从我的应用程序中摆脱的主要瓶颈。我如何将频谱实例附加到列表中，使得不仅最后一个频谱被多次附加？

- Niek de Klein

Answer 1

不能只是保存最后一个频谱 -- 你正在做正确的事情将每个对象保存到列表中。

问题在于你一遍又一遍地获取相同的对象。

在循环中打印id(spectrum)以获取其内存地址，将显示它是一个重复的对象，其id和其他属性已更改。

虽然你不一定需要copy.deepcopy()，但确实需要制作副本。尝试使用copy.copy()，并查看Spectrum.decRef()源代码以了解它如何进行复制。

很可能，你需要decRef()每一个来使它们独立 -- 否则，为什么类会提供一个特殊的方法呢？

- agf

---

是的，你说得对，它们是相同的内存地址。Spectrum.deRef()使用深拷贝并剥离了一些信息，这需要很长时间...无论如何，感谢你的回答。 - Niek de Klein