更新MongoDB中的条目使用mongolite

Question

我有一个包含信息的mongo数据库，我需要将这些信息传递给一些R脚本进行分析。目前我使用mongolite包将信息从mongo传递到R。

在每个mongo条目中，我都有一个叫做checkedByR的字段，它是一个二进制值，表示该条目是否已经被R脚本分析过了。具体来说，我通过相应的mongo ID收集mongo条目，并运行脚本对其进行分析，然后将checkedByR字段赋值为1，然后继续执行下一个。

为了完整起见，我将使用以下请求查询数据库：

library(mongolite)

mongoID <- "1234abcd1234abcd1234"

m <- mongolite::mongo(url = "mongodb://localhost:27017",
                      collection = "collection",
                      db = "database")

rawData <- m$find(query = paste0('{"_id": { "$oid" : "',mongoID,'" }}'), 
                  fields = '{"_id" : 1, 
                             "checkedByR" : 1, 
                             "somethingToCheck" : 1}')

checkedByR <- 1

然而，我在成功更新具有新的“checkedByR”字段的mongo条目方面遇到了困难。我意识到在mongolite包中存在一个“update”函数（请参考：https://cran.r-project.org/web/packages/mongolite/mongolite.pdf），但我无法收集相关示例来帮助我完成更新过程。如果您能提供任何帮助，将不胜感激。

- Futh

Answer 1

mongo$update() 函数接受一个查询和一个更新参数。您可以使用查询来查找要更新的数据，并使用更新告诉它要更新哪个字段。

考虑以下示例：

library(mongolite)
    
## create some dummy data and insert into mongodb
df <- data.frame(id = 1:10,
  value = letters[1:10]
)
    
mongo <- mongo(collection = "another_test", 
  db = "test", 
  url = "mongodb://localhost")
    
mongo$insert(df)
    
## the 'id' of the document I want to update
mongoID <- "575556825dabbf2aea1d7cc1"
    
## find some data
rawData <- mongo$find(query = paste0('{"_id": { "$oid" : "',mongoID,'" }}'), 
  fields = '{"_id" : 1, 
  "id" : 1, 
  "value" : 1}'
)
    
## ...
## do whatever you want to do in R...
## ...

## use update to query on your ID, then 'set' to set the 'checkedByR' value to 1

mongo$update(
  query = paste0('{"_id": { "$oid" : "', mongoID, '" } }'),
  update = '{ "$set" : { "checkedByR" : 1} }'
)

## in my original data I didn't have a 'checkedByR' value, but it's added anyway

---

更新

rmongodb库已不再在CRAN上，因此以下代码将无法使用

---

对于更复杂的结构和更新，您可以采取以下措施：

library(mongolite)
library(jsonlite)
library(rmongodb)  ## used to insert a non-data.frame into mongodb
    
## create some dummy data and insert into mongodb
lst <- list(id = 1,
  value_doc = data.frame(id = 1:5,
  value = letters[1:5],
  stringsAsFactors = FALSE),
  value_array = c(letters[6:10])
)
    
## using rmongodb
mongo <- mongo.create(db = "test")
coll <- "test.another_test"
    
mongo.insert(mongo, 
  ns = coll, 
  b = mongo.bson.from.list(lst)
)
    
mongo.destroy(mongo)

## update document with specific ID
mongoID <- "5755f646ceeb7846c87afd90"
    
## using mongolite
mongo <- mongo(db = "test", 
  coll = "another_test", 
  url = "mongodb://localhost"
)
    
    
## to add a single value to an array
mongo$update(
  query = paste0('{"_id": { "$oid" : "', mongoID, '" } }'),
  update = '{ "$addToSet" : { "value_array" :  "checkedByR"  } }'
)
    
## To add a document  to the value_array
mongo$update(
  query = paste0('{"_id": { "$oid" : "', mongoID, '" } }'),
  update = '{ "$addToSet" : { "value_array" : { "checkedByR" : 1} } }'
)
    
## To add to a nested array
mongo$update(
  query = paste0('{"_id": { "$oid" : "', mongoID, '" } }'),
  update = '{ "$addToSet" : { "value_doc.value" :  "checkedByR" } }'
)
    
rm(mongo); gc()

请参考MongoDB 更新文档以获取更多详细信息。

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