在glm()和bestglm()中找不到函数 "function (object, ...) \nobject"。

6

我正在运行来自bestglm软件包的bestglm分析:

res.bestglm <-
  bestglm(Xy = offermodel,
          family = binomial,
          IC = "BIC",
          method = "exhaustive")

summary(res.bestglm$BestModel) 
Morgan-Tatar search since family is non-gaussian.

我开始出现了这个错误:

Error in model.frame.default(formula = y ~ 1, weights = weights, drop.unused.levels = TRUE) : 
  could not find function "function (object, ...) \nobject"

我检查了我的模型数据,看起来很好——正确的类别,没有遗漏,在以前以同样方式使用变量时也没有问题。
在未能解决问题和进行网络搜索后,我尝试使用数据进行常规 glm 并开始出现几乎相同的错误:
> glm.mba <- glm(y ~  female + DNC + SE_region + enr_before_offer + FA,
+                family = binomial(link = "probit"), data = offermodel)
Error in model.frame.default(formula = y ~ female + DNC + SE_region +  : 
  could not find function "function (object, ...) \nobject"

我不确定如何为这个问题创建一个可重现的示例。以下是我的数据结构:

> str(offermodel)
'data.frame':   2559 obs. of  10 variables:
 $ online_chan     : num  1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ SE_region       : num  1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 ...
 $ recruited       : num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ referral        : num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ FA              : num  1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 ...
 $ female          : num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ enr_before_offer: num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ reg_lag_high    : num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ DNC             : num  0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 ...
 $ y               : num  1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 ...

无论我如何调整模型规范,或者从数据框中删除列,这个问题仍然存在,因此我认为这不是数据问题。
> traceback()
5: model.frame.default(formula = y ~ female + DNC + SE_region + 
       enr_before_offer + FA, data = offermodel, drop.unused.levels = TRUE)
4: stats::model.frame(formula = y ~ female + DNC + SE_region + enr_before_offer + 
       FA, data = offermodel, drop.unused.levels = TRUE)
3: eval(expr, envir, enclos)
2: eval(mf, parent.frame())
1: glm(y ~ female + DNC + SE_region + enr_before_offer + FA, family = binomial(link = "probit"), 
       data = offermodel)

根据@BenBolker的建议,我尝试了一些调试选项,并获得了更多信息:

> glm.mba <- glm(y ~  female + DNC + SE_region + enr_before_offer + FA, data = offermodel)
Error in model.frame.default(formula = y ~ female + DNC + SE_region +  : 
  could not find function "function (object, ...) \nobject"

Enter a frame number, or 0 to exit   

1: glm(y ~ female + DNC + SE_region + enr_before_offer + FA, data = offermodel)
2: eval(mf, parent.frame())
3: eval(expr, envir, enclos)
4: stats::model.frame(formula = y ~ female + DNC + SE_region + enr_before_offer + FA, data = offermodel, drop.unu
5: model.frame.default(formula = y ~ female + DNC + SE_region + enr_before_offer + FA, data = offermodel, drop.un

Selection: 5
Called from: (function () 
{
    if (.isMethodsDispatchOn()) {
        tState <- tracingState(FALSE)
        on.exit(tracingState(tState))
    }
    calls <- sys.calls()
    from <- 0L
    n <- length(calls)
    if (identical(sys.function(n), recover)) 
        n <- n - 1L
    for (i in rev(seq_len(n))) {
        calli <- calls[[i]]
        fname <- calli[[1L]]
        if (!is.na(match(deparse(fname)[1L], c("methods::.doTrace", 
            ".doTrace")))) {
            from <- i - 1L
            break
        }
    }
    if (from == 0L) 
        for (i in rev(seq_len(n))) {
            calli <- calls[[i]]
            fname <- calli[[1L]]
            if (!is.name(fname) || is.na(match(as.character(fname), 
                c("recover", "stop", "Stop")))) {
                from <- i
                break
            }
        }
    if (from > 0L) {
        if (!interactive()) {
            try(dump.frames())
            cat(gettext("recover called non-interactively; frames dumped, use debugger() to view\n"))
            return(NULL)
        }
        else if (identical(getOption("show.error.messages"), 
            FALSE)) 
            return(NULL)
        calls <- limitedLabels(calls[1L:from])
        repeat {
            which <- menu(calls, title = "\nEnter a frame number, or 0 to exit  ")
            if (which) 
                eval(substitute(browser(skipCalls = skip), list(skip = 7 - 
                  which)), envir = sys.frame(which))
            else break
        }
    }
    else cat(gettext("No suitable frames for recover()\n"))
})()

我也尝试过:
rm(res.bestglm) # Because of a message you can see in the comments
install.packages("bestglm")
require(bestglm)

1
尝试从一个干净的(--vanilla)会话开始?你可能有一个叫做function的对象引起了麻烦。 - Ben Bolker
@BondedDust:当然可以。d <- data.frame(y=c(1,1,0)); glm(y~1,data=d,family=binomial(link="probit"))(我想链接函数只需要单调、连续和可微分即可……) - Ben Bolker
@BondedDust 确实 - 一个是 probit,一个不是。bestglm 不支持 probit 或链接。这些家族是 binomial - Hack-R
@BenBolker 现在正在尝试,由于数据量较大,需要几分钟时间,谢谢。 - Hack-R
@BondedDest 我会添加回溯信息,好主意。 - Hack-R
显示剩余5条评论
1个回答

3
感谢评论区的网友们。我不太确定是什么原因导致出现这个错误,但以下步骤修复了该问题:
  1. 删除有问题的对象,res.bestglm
  2. 重新安装bestglm
  3. 保存图像并关闭项目
  4. 重新打开项目并加载包
我不确定为什么第1步中的对象会出现问题,但它某种程度上搞乱了全局环境。此外,如果您在未先删除对象并重新安装软件包之前启动了纯净会话,则 R 找不到 bestglm

1
有过同样的问题。 rm(list = ls())和随后的会话重启足以解决我的症状。但我还不知道是什么导致了这个问题。当传递在全局环境中也存在的公式时,某些东西确实会引起混乱。 - Matt Bannert
你使用的是RStudio吗? - Carlos Cinelli
@CarlosCinelli 是的,确实如此。 - Hack-R
2
@Hack-R 我还不确定,但我怀疑这是RStudio的一个bug。 - Carlos Cinelli
1
我在使用 stats::lm() 时遇到了相同的错误。退出 RStudio 后问题得到解决。 - coletl
显示剩余2条评论

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的
可以查看英文原文,
原文链接