如何在使用purrr时定位错误并进行调试

Question

当使用purrr和一些map()变体时，我发现调试代码很困难。特别是当出错信息没有告诉我哪一行（数据框）抛出了错误时，我会遇到问题。

在使用purrr时，如何定位错误？

考虑以下示例：

library(tidyverse)

# Prepare some data
set.seed(1)
a <- tibble(
  x = rnorm(2),
  y = rnorm(2))

b <- tibble(
  x = rnorm(2),
  y = rnorm(2))

c <- tibble(
  x = rnorm(2),
  y = letters[1:2])

df <- tibble(
  dataframes = list(a,b,c))

df
#> # A tibble: 3 x 1
#>   dataframes      
#>   <list>          
#> 1 <tibble [2 x 2]>
#> 2 <tibble [2 x 2]>
#> 3 <tibble [2 x 2]>

# A simple function 
add_cols <- function(.data){
  .data %>% 
    mutate(
      z = x + y)
}

# Running the function with map() will return an error
df %>% 
  mutate(
    dataframes = map(.x = dataframes, ~add_cols(.x)))
#> Error in x + y: non-numeric argument to binary operator

map() 返回一个错误，因为您不能将数字和字母相加。错误消息告诉我们出了什么问题，但没有告诉我们具体的错误位置。df 中第三行是错误的显而易见的位置，但假设函数更加复杂，并且我们正在对成千上万个行应用它，那么如何找到错误位置呢？

到目前为止，我的方法是使用某种版本的循环来查找错误。我认为这种方法的缺点非常明显。请帮助我找到更好的方法。

for(i in 1:nrow(df)){
  print(paste("Testing row number", i))

  df %>% 
    filter(row_number() == i) %>% 
    unnest(cols = c(dataframes)) %>% 
    add_cols()
}
#> [1] "Testing row number 1"
#> [1] "Testing row number 2"
#> [1] "Testing row number 3"
#> Error in x + y: non-numeric argument to binary operator

如果与您的建议相关，我正在使用Rstudio。

^{由reprex软件包（v0.3.0）于2019-10-15创建}

- Steen Harsted

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你可以使用 possibly 或 safely 或 tryCatch 提取错误/警告信息。 - akrun

Answer 1

我们可以使用purrr中的possibly或safely函数，并指定otherwise。

library(dplyr)
library(purrr)
out <- df %>%
         mutate(dataframes = map(dataframes, ~ 
                possibly(add_cols, otherwise = 'error here')(.x)))

out$dataframes
#[[1]]
# A tibble: 2 x 3
#       x      y     z
#   <dbl>  <dbl> <dbl>
#1 -0.626 -0.836 -1.46
#2  0.184  1.60   1.78

#[[2]]
# A tibble: 2 x 3
#       x     y       z
#   <dbl> <dbl>   <dbl>
#1  0.330 0.487  0.817 
#2 -0.820 0.738 -0.0821

#[[3]]
#[1] "error here"

可以通过简单的检查找到

out$dataframes %in%  'error here'
#[1] FALSE FALSE  TRUE

要找到位置，请用which进行包装。

- akrun