pydot和graphviz错误：无法导入dot_parser，将无法加载dot文件。

Question

当我使用pydot运行一个非常简单的代码时

import pydot
graph = pydot.Dot(graph_type='graph')

for i in range(3):

  edge = pydot.Edge("king", "lord%d" % i)
  graph.add_edge(edge)

vassal_num = 0
for i in range(3):
  for j in range(2):
    edge = pydot.Edge("lord%d" % i, "vassal%d" % vassal_num)
    graph.add_edge(edge)
    vassal_num += 1

graph.write_png('example1_graph.png')

它向我输出了错误信息：

Couldn't import dot_parser, loading of dot files will not be possible.

我正在使用 Python 2.7.3。

- Sadık

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“pip install pydot2” 可以解决这个问题。相较于使用“pip uninstall”，更加方便，如果你分享代码，只需将pydot2添加到requirements.txt中即可，而不需要让用户运行陌生的命令。 - RussellStewart

Answer 1

对于pydot >= 1.1的问题已经被修复，具体信息请参考6dff94b3f1。因此，pydot >= 1.1将与pyparsing >= 1.5.7兼容。

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对于pydot <= 1.0.28的问题:

如果您遇到了这个问题，那是由于pyparsing从1.x版本到2.x版本的变化导致的。要使用pip安装pydot，请先安装旧版本的pyparsing：

pip install pyparsing==1.5.7
pip install pydot==1.0.28

如果您没有使用pip安装pyparsing，而是使用了setup.py，那么请查看这个解决方案以卸载该软件包。感谢@qtips。

- Jonathan

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我安装了NetworkX、GraphViz和pydot，但无法让Graphviz功能与NetworkX一起使用（例如，此NetworkX示例失败）。我一直收到以下错误信息：全局名称“dot_parser”未定义。您的解决方案解决了这个问题。 - qtips

另外，如果您使用 python setup.py install 安装了软件包，则 sudo pip uninstall 无法正常工作。在这种情况下，请按照此解决方案进行操作。至少在我的 Mountain Lion OSX Mac 上是这种情况。 - qtips

“sudo” 显然并不总是必需的，例如如果您正在使用 virtualenv。 除此之外，这对我很有效！ - David Reynolds

在Ubuntu 12.04中，当通过解析安装时，我遇到了这个错误：“请求pyparsing==1.5.7，但安装版本2.0.1”。然后仍然出现上述错误。因此，解决方案是指定Python egg的下载位置：sudo pip install -Iv https://pypi.python.org/packages/source/p/pyparsing/pyparsing-1.5.7.tar.gz#md5=9be0fcdcc595199c646ab317c1d9a709 - lefterav

为什么不直接使用pip install pyparsing==1.5.7？ - Suor

Answer 2

pip仓库中有一个新的包叫做pydot2，可以正确地与pyparsing2配合使用。由于matplotlib依赖于更新的pyparsing包，我无法降级我的软件包。

注意：来自macports的python2.7

- Dana the Sane

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在我看来，这个回答应该优先考虑，而不是采用将pyparsing版本降级的想法。对于我来说，在networkx中完美地运作。谢谢！ - Raghav RV

仍然出现此错误，但是已经解决了dot_parser的错误。你必须安装pydot才能使pydotprint正常工作。 - Inanc Gumus

Answer 3

pydot使用了pyparsing中的一个私有模块变量(_noncomma)。以下差异修复了它以在pyparsing 2.0.1中使用：

diff --git a/dot_parser.py b/dot_parser.py
index dedd61a..138d152 100644
--- a/dot_parser.py
+++ b/dot_parser.py
@@ -25,8 +25,9 @@ from pyparsing import __version__ as pyparsing_version
 from pyparsing import ( nestedExpr, Literal, CaselessLiteral, Word, Upcase, OneOrMore, ZeroOrMore,
     Forward, NotAny, delimitedList, oneOf, Group, Optional, Combine, alphas, nums,
     restOfLine, cStyleComment, nums, alphanums, printables, empty, quotedString,
-    ParseException, ParseResults, CharsNotIn, _noncomma, dblQuotedString, QuotedString, ParserElement )
+    ParseException, ParseResults, CharsNotIn, dblQuotedString, QuotedString, ParserElement )

+_noncomma = "".join( [ c for c in printables if c != "," ] )

 class P_AttrList:

- Gabi Davar

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仅为完整起见，这是关于pydot的问题报告，其中报告了此问题和@Gabi Davar提到的修复方法。 - Jack Kelly

Answer 4

我 fork 了 pydot 存储库 [1]，应用了 Gabi Davar 补丁和一些更改以支持 python-3。该软件包可在 PyPI [2] 中获取。

祝好！

[1] https://pypi.python.org/pypi/pydot2/1.0.32 [2] https://pypi.python.org/pypi/pydot2

- david villa

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PyPI页面似乎已经崩溃了，太糟糕了！有任何想法是为什么吗？ - Dav Clark

pip包似乎出了问题。pip install...在中途失败，没有明确的错误提示。看起来清单和实际文件不匹配。我检出了git仓库，然后运行mv README.rst README，接着运行python setup.py install。这对我有效 :-) - Kenji Noguchi

链接 https://pypi.python.org/pypi/pydot2 已失效，但 pip install pydot2 可以使用，而这个链接 https://pypi.python.org/pypi/pydot2/1.0.32 是有效的。 - Mark Mikofski

Answer 5

请执行以下操作：

$ sudo pip uninstall pydot

$ sudo pip install pydot2

请参考以下链接： http://infidea.net/troubleshooting-couldnt-import-dot_parser-loading-of-dot-files-will-not-be-possible/

- Jing Zhang

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我执行了相反的操作pip uninstall pydot2，然后执行pip install pydot来修复错误。这里是正确答案的链接: https://github.com/pydot/pydot/issues/166#issuecomment-356066120 - FooBar167

Answer 6

解决方案不是从某个地方安装pydot，而是从官方Ubuntu仓库安装“python-pydot”。

- Sadık

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截至2013年8月25日，pip install python-pydot对我来说无法工作（找不到分发包）；而pip install pydot可以。因此，我认为pydot不一定是非官方的。也许你是通过操作系统分发安装的？ - Owen S.

不需要使用pip，我使用了“sudo apt-get install python-pydot”命令。 - Sadık

这可能有效，因为Ubuntu目前有1.5.2版本的python-pyparsing，避免了上述的版本不兼容问题。我采用了上述修复方法，自那以后就没有出现问题了。谢谢！ - Owen S.

很不幸，在Ubuntu Saucy版本中，pyparsing已经升级，但是pydot没有得到适当的修补。 - Tully

我已经提交了一个工单来修复Ubuntu软件包：https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/pydot/+bug/1321135 - Tully

我遇到了“GraphViz的可执行文件未找到”的错误，并尝试了各种方法（尝试为grarphviz设置路径，卸载/安装pyparser、pydot），但在我的Ubuntu precise上，这是唯一有效的方法：sudo apt-get install python-pydot，谢谢！ - naoko

Answer 7

在尝试了很多次后，根据我在这里所看到的内容（针对networkx），最终我做了什么（伪代码序列）：

apt-get remove python-pydot
pip install pydotplus
apt-get install libcgraph6
apt-get install python-pygraphviz


# pip freeze | grep pydot
 pydotplus==2.0.2
# pip freeze | grep pyparsing
pyparsing==2.2.0
# pip freeze | grep graphviz
pygraphviz==1.2
# python -c 'import pydotplus'
#

- sten

Answer 8

我再次遇到了这个问题，我的上述解决方案并没有起作用。如果你也是在Mac的El Capitan上使用Anaconda，并且遇到同样的问题，请尝试以下方法：

conda install --channel https://conda.anaconda.org/RMG graphviz`
conda install --channel https://conda.anaconda.org/RMG pydot

- scottlittle

Answer 9

现在至少有两个版本支持PyParsing-2和Python-3：

• PyDotPlus，由Carlos Jenkins制作，拥有一个不错的travis buildbot和漂亮的文档。但是你需要将它的文件夹名从site-packages\pydotplus改为site-packages\pydot才能使其与导入pydot的现有程序一起工作。
• pydot3k，由bmcorser制作。遗憾的是，它不能工作！
• prologic/pydot，由James Mills制作，链接自官方pydot Google代码页面，作为...

  Python 3兼容的分支

  这里是David Villa的pydot2的正常工作链接：https://pypi.python.org/pypi/pydot2/1.0.32

- Mark Mikofski

Answer 10

这对我有用（在Mac OS X 10.9上，使用Anaconda中的Python 2.7.10）：

conda uninstall pydot

那么，

conda install pydot

在安装pydot时，Pyparsing会被降级（从2.x降至1.5.7）。未来的读者：这使得我能够正确地安装和导入Theano。

- scottlittle