如何使用knitr从r脚本函数生成多个文件

Question

如何使用knitr从r脚本函数生成多个文件

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我希望能从R脚本中生成多个报告，避免编译rmd文件所需的重复操作，如果可能的话，我想直接从R脚本中生成报告。该脚本拥有一个函数，可从数据框列表中生成每个报告，其中每个报告代表一个数据框的处理过程。但我不知道如何单独生成每个报告。目前，报告在一个文件中显示了所有的数据框。

原始脚本很复杂，因此我提供了下面的简化版本。

    structure(list(a = structure(c(1L, 3L, 2L), .Label = c("boo", 
    "saa", "yaew"), class = "factor"), b = structure(c(2L, 3L, 
    1L), .Label = c("mfds", "shu", "ren"), class = "factor"), c = structure(c(2L, 
    1L, 3L), .Label = c("22", "23", "5345"), class = "factor")), .Names = c("a", 
    "b", "c"), row.names = c(NA, -3L), class = "data.frame")

    ReportOp<-function(n) { 
  this_is_a_name <- n; 
  this_is_my_data <- ldf[[n]] 

  #' ---
  #' author: Me
  #' date:
  #' ---

  #+results='asis', echo=FALSE
  knitr::kable(this_is_my_data, digits = 2)
  #'
}

目前，我只是使用R Studio中的编译笔记本按钮生成包含所有内容的报告。

我尝试在单独的文件中使用以下脚本的knitr::spin：

library(knitr)
o=spin('/Users/sebastianzeki/Desktop/UntitledTBB.R')
knit2html(o,output="/Users/sebastianzeki/Desktop/out.html")

但是我只能得到一个报告输出，而不是三个。

- Sebastian Zeki

我使用带参数的R Markdown文档来进行这个目的，然后使用rmarkdown::render()函数的包装器迭代地渲染报告，可以使用lapply、map、do或任何你喜欢的方法。 - Jake Kaupp

@Jake Kaupp - 你的意思是我应该在 names(x) 后面插入 rmarkdown::render() 吗？我不明白的是在 markdown 文档中要放什么...感到困惑... - Sebastian Zeki

在YAML中创建一个带有参数的report.rmd文件。该报告应调用主数据集并根据您的选择对参数进行子集化。
使用rmarkdown::render()通过apply系列（或编写包装器并使用apply）呈现report.rmd文件和您的参数选择。我建议阅读rmarkdown::render()文档以获取所有内容。

- Jake Kaupp

@Jake Kaupp。问题在于参数会发生变化，所以我有点希望能够直接从函数中输出，而不需要创建.rmd文件。 - Sebastian Zeki

您可以创建一个单独的Markdown文件，并通过render()将参数传递给它。 - Jake Kaupp

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- Jake Kaupp · Accepted Answer

您可以制作一个单一的rmarkdown 参数化报告。在 YAML 中定义参数。通过以列表形式将参数传递给 rmarkdown::render() 来呈现报告。

您可以通过多种方式在 r 中对多组参数运行此操作，例如循环、apply 家族（在本例中为 mapply）、dplyr::do 或 purrr:map() 函数。在此示例中，我使用了 purrr::pmap()。

Report.Rmd

---
title: "`r sprintf('mtcars %s vs. %s', params$variable1, params$variable2)`"
output: html_document
params:
  variable1: "mpg"
  variable2: "cyl"
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
library(ggplot2)
```
#Plot
Crazy report text!

```{r cars}
ggplot(mtcars, aes_(x = as.name(params$variable1), y = as.name(params$variable2))) +
  geom_point()
```

渲染函数

render_report <- function(var1, var2) {

  template <- "path_to/Report.Rmd"

  out_file <- sprintf("report %s vs. %s", var2, var1)

  parameters <- list(variable1 = var1,
                     variable2 = var2)

    rmarkdown::render(template,
                      output_file = out_file,
                      params = parameters)
  invisible(TRUE)
}

运行多个参数。

library(purrr)

params_list <- list(list("mpg","mpg","mpg"),
                    list("drat","wt","qsec"))

pmap(params_list, render_report)

输出

三个HTML文件，每个文件名对应参数，并显示根据参数绘制的散点图。

drat vs mpg
qsec vs mpg
wt vs mpg