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使用opts_chunk$set(root.dir = ...)在knitr中设置工作目录无效。

rrstudioknitr
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我的 R 项目结构类似于一个包，其中包括目录 /R、/vignettes、/data 等等。在我位于 /vignettes 的一个 Rmd 文档中，我调用了位于 /R 中的脚本。在这个脚本中，我使用 read.csv() 来加载一个位于 inst/extdata/ 的文件。
现在的问题是，在 Rmd 文件中默认的工作目录是该文件所在的目录。让我们称其为 /Users/Me/Docs/Proj/vignettes。然而，为了使 R 脚本能够运行，需要将工作目录设置为项目的主目录(/Users/Me/Docs/Proj)。
我尝试使用 knitr::opts_chunk$set(root.dir = normalizePath("..") 在 Rmd 文件中更改工作目录。然而，显然这并没有改变工作目录，因为如果我在此之后调用 getwd()，输出仍然是/Users/Me/Docs/Proj/vignettes，而 knitr::chunk_opts$get("root_dir") 返回/Users/Me/Docs/Proj。

这里有一个最小化的 Rmd 文件示例：

```{r}
getwd()  # returns 'Users/Me/Docs/Proj/vignettes'
knitr::opts_chunk$set(root.dir = normalizePath(".."))  # should change the working directory to 'Users/Me/Docs/Proj'
getwd()  # again returns 'Users/Me/Docs/Proj/vignettes'
knitr::opts_chunk$get("root.dir")  # returns 'Users/Me/Docs/Proj'
```

我正在使用RStudio版本0.99.435。下面是我的会话信息：

R version 3.2.0 (2015-04-16)  
Platform: x86_64-apple-darwin14.3.0 (64-bit)  
Running under: OS X 10.10.3 (Yosemite)  

locale:
[1] de_DE.UTF-8/de_DE.UTF-8/de_DE.UTF-8/C/de_DE.UTF-8/de_DE.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] htmltools_0.2.6 tools_3.2.0     yaml_2.1.13     rmarkdown_0.6.1 digest_0.6.8

非常感谢您提供的任何帮助。如果您需要更多信息，请在问题下发表评论。提前致谢！

为什么不直接使用 setwd() 函数呢？ - Stibu
7
从 knitr::knit 的文档中可以得知："不建议在代码块中通过 'setwd()' 更改工作目录，因为这可能会导致可怕的后果（例如图形和缓存文件可能被写入错误的位置）。如果您确实使用 'setwd()'，请注意，'knitr' 将始终将工作目录还原为原始目录。" - Thomas Neitmann
7个回答
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如果您有一个具有嵌套子文件夹的R项目，以便 .Rproj 和 .Rmd 文件位于不同的文件夹中，您可以使用命令rprojroot::find_rstudio_root_file() 在Kniting期间找到并将工作目录设置为项目的主文件夹（而不是包含rMarkdown代码文件的文件夹）。

因此，至少使用以下内容：

```{r setup}

knitr::opts_knit$set(root.dir = rprojroot::find_rstudio_root_file())

```

在setup代码块内部。

另请参阅在R Studio中自动查找当前R项目路径

这太棒了！=) - radek
这是解决这个问题的最佳方式。 - Óscar Gómez Alcañiz
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4
这在Linux下的RStudio 1.0.143中有效，但仅限于{r setup}...代码块中。将其命名为{r initialization}...会导致其失效。 - mightypile
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正如Yihui在他的回答中指出的那样，错误只是我使用了opts_chunk$set()而不是opts_knit$set()。
然而，值得注意的是，工作目录的更改只会影响下一个块，而不是当前块。因此，例如，如果您想要相对于新的工作目录加载数据，请在下一个块中执行。
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关于通过 root.dir = 设置工作目录的实现细节。


尽管Yihui和Tommy已经有一些非常好的答案，但我仍然在设置工作目录时遇到了困难。所以我在这里尝试提供一个完整的答案。

  1. 来自knitr文档：

必须在任何依赖于这些设置处于活动状态的块之前在一个块中设置knitr的设置。建议创建一个knit配置块作为脚本中的第一个块，并设置选项cache = FALSE和include = FALSE。该块不得包含任何命令，这些命令要求配置块中的设置在执行时处于有效状态。

  1. 我的代码示例:

在我的情况下，.Rproj和.Rmd文件位于同一文件夹中。

```{r setup, include=FALSE, cache = FALSE}
require("knitr")
## setting working directory
opts_knit$set(root.dir = "~/Documents/R/Example")
```
我在笔记本设置工作目录时遇到了相同的问题（RStudio 1.2.1335，R 3.5.3），尽管@Yihui和@Tommy的回答，由于_setup-chunk_内部的getwd()命令。感谢@Guannan澄清了解决方案！ - Gregor Kvas
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对于我来说，knitr::opts_knit$set 可以与 root.dir 一起使用，但不能与 echo = FALSE 一起使用。

然而，

knitr::opts_chunk$set 可以与 echo = FALSE 一起使用，但不能与 root.dir 一起使用。

因此，

我在设置块中同时使用了这两个选项：

```{r settings, include = FALSE}

knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE
                      , comment = NA
                      , warning = FALSE
                      , error = FALSE
                      , message = FALSE
                      , tidy = TRUE)

knitr::opts_knit$set(root.dir = 'C:/...')

```
如果你在这里看 https://yihui.org/knitr/options/#package-options，你会发现目录中有两个块叫做“代码块选项”和“包选项”。我刚刚意识到它们是关于你的困惑。我也曾经有同样的困惑。 - Sergey Skripko
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以下代码块需要作为 Rmd 脚本的第一个代码块。

{r setup, include=FALSE, cache = FALSE}
knitr::opts_knit$set(
  root.dir = rprojroot::find_rstudio_root_file()
  )

但是，有时它不起作用。我发现可能是由于块输出设置引起的。块内联输出和块控制台输出是不同的。请确保块内联输出和设置块将正常工作。

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当我把.Rmd文件放在其他文件的上游子目录中时，我无法让knitr::opts_knit$set(root.dir = rprojroot::find_rstudio_root_file())在setup块中与knitr::include_graphics一起工作（对于source()和load()可以正常工作）。如果你遇到同样的问题，请尝试：

library(here)
knitr::include_graphics(here("figs/figure.png"))

在这些情况下，您显然也可以使用../，但是在调试时，路径将无法直接在控制台中工作。

解决方案来源：https://community.rstudio.com/t/knittr-include-graphics-image-png-cannot-find-files/82959/2

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