在tryCatch函数内使用while循环

Question

我正在对置换数据运行GLMM，但其中一些数据会出现收敛错误的错误消息。 由于这是我的空模型，我只需要重新采样这个特定的置换数据。 因此，我尝试处理R的tryCatch函数，但我失败了。 我有Perm，它是我的数据框的置换数据集，pglmm是置换数据的glmm模型。 因此，我有以下结构：

pglmm<-NULL
for (i in seq_along(Perm)){
pglmm[[i]]<-summary(lme("My GLMM model"))
}

为了处理错误，我尝试使用以下结构：

pglmm<-NULL
for (i in seq_along(Perm)){
pglmm[[i]]<- tryCatch(summary(lme()),
error=function(err){
pglmm[[i]]<- summary(lme("My GLMM model on resample data"))
return(pglmm[[i]])
}
}

目前代码能够运行，但是即使重新采样一次出现错误的数据，我可能仍然会遇到收敛问题，因此我需要添加一个while循环来重复采样，直到不再出现收敛错误。但是我不知道在哪里添加这个while循环（是在error=function(err)内还是在for循环开始时？）。

非常感谢您的帮助。

- Sosa

Answer 1

预先分配并填充，成功后增加迭代器而不是迭代一个序列

pglmm <- vector("list", length(Perm))
i <- 1
while (i <= length(Perm)) {
    pglmm[[i]] = tryCatch(summary(lme(...)), error=identity)
    if (!is(pglmm[[i]], "error"))
        i <- i + 1
}

或者避免使用内存管理的需求。

pglmm <- replicate(length(Perm), {
    repeat {
        result <- tryCatch(summary(lme(...)), error=identity)
        if (!is(result, "error"))
            break
    }
    result
})

- Martin Morgan

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对于重复解决方案的热爱 - Garini

Answer 2

也许是以下内容之类的东西。

pglmm <- vector("list", length(Perm))
for (i in seq_along(pglmm)){
    while(is.null(pglmm[[i]])) {
        tryCatch(
            pglmm[[i]] <- summary(lme(...)), 
            error = function(e) {print(e); print("retrying...")}
        )
    }
}

pglmm 被初始化为与 Perm 长度相同的列表，填充了 NULL 值。遍历列表的每个元素，您可以重复数据重新抽样和模型拟合（这是 pglmm[[i]]<- ... 行），直到没有收敛错误。一旦成功运行模型，它被分配给第 i 个条目的 pglmm，然后循环继续到下一个索引，以此类推。

- konvas