Pygraphviz，导入错误：未定义符号：Agundirected

Question

import pygraphviz

Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pygraphviz/__init__.py", line 58, in <module>
    from .agraph import AGraph, Node, Edge, Attribute, ItemAttribute, DotError
File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pygraphviz/agraph.py", line 26, in <module>
    from . import graphviz as gv
File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pygraphviz/graphviz.py", line 28, in <module>
    _graphviz = swig_import_helper()
File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pygraphviz/graphviz.py", line 24, in swig_import_helper
    _mod = imp.load_module('_graphviz', fp, pathname, description)
ImportError: /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pygraphviz/_graphviz.so: undefined symbol: Agundirected

我已经尝试过

pip install pygraphviz --install-option="--include-path=/usr/include/graphviz" --install-option="--library-path=/usr/lib/graphviz/"

我也尝试了这个答案，但仍然不起作用。 Python无法看到pygraphviz

- midhun j

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错误是由于graphviz库无法加载动态库引起的 - 检查库是否实际存在，并确保在graphviz目录不存在时运行ldconfig以更新动态库路径。 - MatsLindh

请问您能否帮我检查一下这个库是否存在？另外，如何运行idconfig呢？ - midhun j

@midhunj 使用sudo ldconfig命令。对我来说，它仍然无效。 - SparkAndShine

我已经尝试过ldconfig了，但它仍然无法正常工作。 - midhun j

当我尝试导入graphviz时，它能够正常工作。那么有谁能解释一下为什么无法导入pygraphviz呢？ - midhun j

Answer 1

首先，卸载你当前的模块：

 pip uninstall pygraphviz

然后使用以下命令检查您的路径：

 pkg-config --libs-only-L libcgraph
 pkg-config --cflags-only-I libcgraph

那些命令应该指向库的路径，例如：

-I/usr/include/graphviz  

然后，使用上述输出中的路径，在您的虚拟环境中运行以下命令：

pip install pygraphviz --install-option="--include-path=/usr/include/graphviz" --install-option="--library-path=/usr/lib/graphviz/"

来源： https://github.com/pygraphviz/pygraphviz/issues/71

- Martin0x777

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为什么要安装两次 "install-option"？ - MERose

不要在意 pkg-config --libs-only-L libcgraph 的输出。在我的情况下（Ubuntu 16.04），该命令返回一个空行，这正是pip无法检测到graphviz库正确路径的原因。 在我的情况下，我只需使用以下命令进行安装：pip install pygraphviz --install-option="--include-path=/usr/include/graphviz" --install-option="--library-path=/usr/lib/graphviz/"然后它就可以工作了。 - Augusto Destrero

Answer 2

在Ubuntu 14.04上，@Martin0x777的回答对我没有用。所以我按照github指南安装了pygraphviz，错误消失了：

git clone https://github.com/pygraphviz/pygraphviz.git
cd pygraphviz
python setup.py install

- Daniel