如何在Google Colab中运行Github项目的笔记本？

Question

我想在 Github 上的以下项目（位于 notebook 文件夹中）中运行笔记本：https://github.com/n-waves/multifit。由于笔记本依赖于整个项目的其他模块、文件和数据，因此我不能在 Google Colab 中直接打开它们。 我可以使用 !git clone ... 在Colab提供的空间中进行克隆，但然后我无法在浏览器中打开并运行笔记本（像其他由Google Colab运行的笔记本那样）。所以，我的问题是如何在Google Colab中运行这些笔记本，我希望在可视化模式下运行（也就是在浏览器中打开）？

- Ahmad

Answer 1

在Google Colab中打开想要使用的Github笔记本。

将域名从 'github.com' 更改为 'githubtocolab.com'。

笔记本会在Colab中打开。

仅适用于公共存储库。

- Jaya Raghavendra

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相当的技巧。 - optim1st

这对于私有存储库中的笔记本不起作用。 - Eduardo Pignatelli

@EduardoPignatelli 有什么适用于私有存储库的解决方案吗？ - a06e

我见过的前十件最疯狂的事情 - Katsu

@EduardoPignatelli，您只需在Colab中授予对私有存储库的访问权限。它会要求进行身份验证，或者您可以在Colab主页上设置权限。 - Jb-99

我不明白为什么这个答案被赞得这么多。它并没有回答问题。事实上，githubtocolab.com在Colab中导入笔记本时，并没有将依赖模块与笔记本一起导入。 - undefined

Answer 2

另一种选择是使用Colab的UI浏览存储库。如果您访问此URL，它将向您呈现选项：
https://colab.research.google.com/

然后您可以选择您的存储库：

https://colab.research.google.com/github/n-waves/multifit/blob/master/

之后，您可以选择要打开的笔记本。

附言：在审核 Drake 的这个 PR时学到了这个技巧。

再附言：我还不确定如何将其限制为特定文件夹（PR 评论）

- Eric Cousineau

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我不明白接下来是什么。你选择了仓库但打开了笔记本？ - KansaiRobot

抱歉，为了澄清，“之后，您可以选择笔记本电脑…” - Eric Cousineau

这似乎没有检查整个存储库，可能只是本地文件夹？我需要在笔记本所在的存储库中与同级文件夹中的资源。 - Robert Sim

@EricCousineau 如果你能采纳Robert Sim的建议，那就太棒了，因为大多数人都需要从同一个仓库访问其他数据。 - ilam engl

Answer 3

另一种方法是在笔记本的URL中的仓库名称之前添加https://colab.research.google.com/github/。 假设我在Github上有一个Jupyter笔记本，其URL如下：https://github.com/username/repository/blob/master/notebook.ipynb。 要在Google Colab中打开此笔记本，我可以将URL更改为https://colab.research.google.com/github/username/repository/blob/master/notebook.ipynb。 这将直接在Colab上打开笔记本。

- Reza

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我相信这是最简单和最清晰的选择。 - Gabriel

Answer 4

一个有用的扩展是在Colab中打开。

这将在您的浏览器工具栏中提供一个图标，可以在Colab中打开您当前正在查看的GitHub笔记本。

(在使用!git clone ...之后，没有从文件系统加载笔记本的机制。)

- Bob Smith

Answer 5

译文：关键是将这些笔记本复制到Google Drive上。提取它们的FILE_ID，然后使用该ID打开它们。

https://colab.research.google.com/drive/FILE_ID

我写了一个库来更轻松地提取FILE_ID。它基于xattr。

这里是一个示例，展示如何打开一个multifit笔记本：CLS-DE.ipynb。

- korakot

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谢谢！干得好！那么，如果我把整个项目放在我的驱动器中，并从那里打开笔记本电脑，它能够识别到项目文件的路径吗？ - Ahmad

笔记本不会知道其他项目文件。您需要手动添加一个单元格来加载其他文件，例如 !npx degit n-waves/multifit -f。 - korakot

我需要notebook旁边的项目文件。我能否挂载Google Drive，然后像您展示的那样打开notebook，并同时将当前目录（％cd）更改为驱动器中的项目文件夹并运行notebook？ - Ahmad

有两种方法可以做到这一点。你也可以将所有的项目文件存储在你的驱动器中，然后使用 %cd 命令切换目录。或者，我更喜欢的方法是每次从 Github 下载到新的 Colab 实例中。你可能需要使用 !mkdir 或 %cd 命令进行一些操作。 - korakot