R Markdown，评估时出现错误，未找到对象“...”

Question

我正在使用R进行统计分析，并希望将输出结果保存在Markdown文件中。当我在R会话中运行代码时，一切都很完美，但是当我将文件编织成PDF时，我的所有对象都找不到。

我读入数据并进行了一些微小的调整，这部分工作很顺利。但是在第二个块中，它无法找到名为RESP的对象，该对象是我的数据框中的一列。我尝试将其表述为scallopData $ RESP，但是它无法找到名为scallopData的对象，所以这没有帮助。

```{r}
setwd("C:/Users/Zokids/Desktop/R-studio")

scallopData <- read.table("scallopDATA.csv", header = T, sep = ";", na.strings = "NA", dec = ",")
scallopData$pH <- as.factor(scallopData$pH)
scallopData$Temperature <- as.factor(scallopData$Temperature)
```

```{r}
intR <- aov(RESP ~ Temperature*pH, data = scallopData)
summary(intR)
TukeyHSD(intR)
```

我遇到了错误，错误信息为“Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'RESP' not found”，调用链是：... eval -> -> model.frame.default -> eval -> eval

解决方案可能非常明显，但我对markdown的经验不够丰富。

- Thije Zuidewind

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更新str(scallopData)的结果。RESP是其中一个变量吗？ - Robert

变量是pH和温度，RESP是我们观察到的值。str()函数返回：'data.frame': 16 obs. of 18 variables: $ pH : Factor w/ 2 levels "7.7","8.2": 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 ... $ Temperature : Factor w/ 2 levels "25","29": 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 ... $ RESP : num -0.886 NA -0.895 -0.209 -0.313 ... 还有一些内容，但与我目前要做的事情无关。 - Thije Zuidewind

你的第二个块没有接收到数据。有很多可能性：如果你有其他块，也许你正在删除/移除之前的对象；你的软件包是否已更新？ - Robert

是的，我几周前更新了我的软件包。可能是对象被删除了，但我不知道为什么。我尝试将所有代码放在一个块中，但它仍然找不到该对象。 - Thije Zuidewind

Answer 1

你的第一个代码块没问题。对于第二个代码块，在调用语法之前，你需要先加载使用过的包：

{r} library(anova) library(tukeyhsd) intR <- aov(RESP ~ Temperature*pH, data = scallopData) summary(intR) TukeyHSD(intR)

- FTT