假设我正在使用R语言的
作为第一步,我想确定响应是否存在下降趋势(即随着剂量增加,平均响应水平是否下降)。这可以通过一个特别强大的测试 - 威廉姆斯检验(Williams (1971) A Test for Differences between Treatment Means When Several Dose Levels are Compared with a Zero Dose Control. Biometric 27:103-117)来完成。以下是R代码:
在测试的对比中,最低的p值为<0.001,这表明响应呈单调下降趋势的证据很强。很好,这是一个重要的信息。然而,作为下一步,我想确定所谓的“最小有效剂量(MED)”,即对我的反应变量产生显著影响的最低剂量水平。在他的原始出版物中,Williams建议顺序应用多个类似t的测试(即将第二高剂量与控制组进行比较,然后将第三高剂量与控制组进行比较,等等),并在第一个不显著的结果处停止该过程。先前的显著结果将对应于MED。不幸的是,尽管类似于t统计量,但Williams提出的检验统计量在无剂量反应的零假设下并不遵循标准的t分布。在他的原始论文中,作者确实列出了一些关键值的表格。然而,我想知道是否有R实现可用于此类顺序Williams测试。是否可以通过以某种方式指定对比来使用multcomp包进行操作?我花了很多时间在线寻找答案,但不得不放弃。任何帮助都将不胜感激。
multcomp
包进行剂量反应分析(Bretz et al. (2011) Multiple Comparisons with R. Chapman & Hall/CRC)。以下是(模拟)数据:dat <- data.frame(Group = rep(c(0, 0.3, 0.7, 1.2, 1.8, 2.5), each = 5),
Response = c(rnorm(5, 20, 1.2),
rnorm(5, 19.5, 1.2),
rnorm(5, 19, 1.2),
rnorm(5, 15, 1.2),
rnorm(5, 12, 1.2),
rnorm(5, 11, 1.2)
)
)
作为第一步,我想确定响应是否存在下降趋势(即随着剂量增加,平均响应水平是否下降)。这可以通过一个特别强大的测试 - 威廉姆斯检验(Williams (1971) A Test for Differences between Treatment Means When Several Dose Levels are Compared with a Zero Dose Control. Biometric 27:103-117)来完成。以下是R代码:
dat$Group = factor(dat$Group)
M <- lm(Response ~ Group, data = dat)
trend = glht(M, linfct = mcp(Group = "Williams"), alternative = "less")
summary(trend)
Simultaneous Tests for General Linear Hypotheses
Multiple Comparisons of Means: Williams Contrasts
Fit: lm(formula = Response ~ Group, data = dat)
Linear Hypotheses:
Estimate Std. Error t value Pr(<t)
C 1 >= 0 -7.8117 0.7587 -10.296 < 1e-08
C 2 >= 0 -7.3490 0.6571 -11.184 < 1e-08
C 3 >= 0 -6.5282 0.6195 -10.538 < 1e-08
C 4 >= 0 -5.1096 0.5998 -8.519 < 1e-08
C 5 >= 0 -4.3293 0.5877 -7.366 3.01e-08
(Adjusted p values reported -- single-step method)
在测试的对比中,最低的p值为<0.001,这表明响应呈单调下降趋势的证据很强。很好,这是一个重要的信息。然而,作为下一步,我想确定所谓的“最小有效剂量(MED)”,即对我的反应变量产生显著影响的最低剂量水平。在他的原始出版物中,Williams建议顺序应用多个类似t的测试(即将第二高剂量与控制组进行比较,然后将第三高剂量与控制组进行比较,等等),并在第一个不显著的结果处停止该过程。先前的显著结果将对应于MED。不幸的是,尽管类似于t统计量,但Williams提出的检验统计量在无剂量反应的零假设下并不遵循标准的t分布。在他的原始论文中,作者确实列出了一些关键值的表格。然而,我想知道是否有R实现可用于此类顺序Williams测试。是否可以通过以某种方式指定对比来使用multcomp包进行操作?我花了很多时间在线寻找答案,但不得不放弃。任何帮助都将不胜感激。