简而言之：当一个预提交钩子修改文件时，PhpStorm的行为会变得奇怪。
我有一个预提交钩子，用于检查js和css文件的修改情况，如果其中一个文件被修改，我们希望该钩子更改一个配置文件（我们使用该文件来强制重新加载“客户端文件”的所有浏览器的缓存），以便将该更改包含在提交中。
该钩子如下所示：
#!/bin/bash
JSCSSCHANGE=`git status|grep -E "(.css|.js)"|wc -l`
if [ $JSCSSCHANGE -ne 0 ]; then
#MODIFY THE FILE
git add .
fi
事实是，当我们通过命令行或SourceTree进行提交时，它可以正常工作：文件被修改并包含在提交中。
但是，当我们通过PhpStorm进行提交时，在提交完成后，尽管已经包含了修改过的文件，但是我们还需要再次提交该文件，而且该文件状态为已修改。提交本身是完美的，并且包含了修改，但是我们仍然需要提交相同状态下的文件。