使用argparse进行文件名输入

Question

大家好，我正在尝试在命令行使用argparse输入文件名，但现在还无法让它正常工作。

我希望能够从命令行接收一个字符串（-d），该字符串对应一个文件名（datbase.csv），并将其存储在 inputargs.snp_database_location 变量中。

下面是我的代码示例，其中该变量被作为 load_search_snaps 函数的输入，函数会打开文件并进行一些操作（伪代码）。

    import csv, sys, argparse

    parser = argparse.ArgumentParser(description='Search a list of variants against the in house database')
    parser.add_argument('-d', '--database',
        action='store',
        dest='snp_database_location',
        type=str,
        nargs=1,
        help='File location for the in house variant database',
        default='Error: Database location must be specified')

    inputargs = parser.parse_args()

    def load_search_snps(input_file):
        with open(input_file, 'r+') as varin:
            id_store_dictgroup = csv.DictReader(varin)
            #do things with id_store_dictgroup                                                                          
        return result

    load_search_snps(inputargs.snp_database_location)

在bash中使用以下命令：

python3 snp_freq_V1-0_export.py -d snpstocheck.csv

当我试图用命令行传递同目录下的普通csv文件时，会出现以下错误：

File "snp_freq_V1-0_export.py", line 33, in load_search_snps with open(input_file, 'r+') as varin: TypeError: invalid file: ['snpstocheck.csv']

如果我从脚本内部提供文件路径，则可以正常工作。据我所知，我得到了与文件名字符串匹配的snp_database_location 字符串，但是之后我得到了错误。我错过了什么导致类型错误？

- s_boardman

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你在错误信息中缺少 []。列表和字符串之间的区别很重要。 - hpaulj

Answer 1

nargs=1 使得 inputargs.snp_database_location 成为一个列表（只有一个元素），而非一个字符串。

In [49]: import argparse

In [50]: parser = argparse.ArgumentParser()

In [51]: parser.add_argument('-d', nargs=1)
Out[51]: _StoreAction(option_strings=['-d'], dest='d', nargs=1, const=None, default=None, type=None, choices=None, help=None, metavar=None)

In [52]: args = parser.parse_args(['-d', 'snpstocheck.csv'])

In [53]: args.d
Out[53]: ['snpstocheck.csv']

为了修复，请移除nargs=1。

- unutbu